结论：是否合法需分情况判断，关键在于劳动合同或规章制度中是否明确约定该条款，以及该条款是否违反法律强制性规定。具体分析如下：

1. 若劳动合同或规章制度中明确约定“小时工不满三个月按当地最低工资发放”，且该约定不违反法律强制性规定，则可能合法
   根据《劳动合同法》第十七条，劳动合同应当具备“劳动报酬”条款，双方可协商约定工资标准。若小时工入职时已签署书面合同，明确约定试用期或服务期工资（如不满三个月按最低工资发放），且该标准不低于当地最低工资标准（如北京2023年为24.2元/小时），则属于双方自愿约定，法律一般认可其效力。
   但需注意：若合同未明确约定，或约定模糊（如仅口头约定），用人单位单方面按最低工资发放可能构成违法。

2. 若约定违反法律强制性规定，则必然不合法
   根据《最低工资规定》第十二条，用人单位支付劳动者的工资不得低于当地最低工资标准。若合同约定的“不满三个月按最低工资发放”导致实际工资低于最低工资（例如：小时工每小时工资低于当地最低小时工资标准），则该条款无效，用人单位需补足差额。
   举例：若当地最低小时工资为24.2元，但合同约定“不满三个月按20元/小时发放”，则20元低于最低标准，用人单位需按24.2元/小时补足。

3. 若未签订书面合同，用人单位直接按最低工资发放，可能面临违法风险
   根据《劳动合同法》第十条、第八十二条，用人单位未与劳动者签订书面合同的，需支付双倍工资。此时若用人单位以“不满三个月”为由按最低工资发放，可能被认定为未足额支付劳动报酬，劳动者可主张补足工资差额及双倍工资赔偿。

建议：

• 对劳动者：若发现工资低于最低标准或合同约定模糊，可要求用人单位提供工资计算依据，并保留考勤记录、工资条等证据，必要时向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
  
• 对用人单位：制定工资制度时需确保不低于最低工资标准，并在合同中明确约定工资条款，避免口头约定或模糊表述。
  

如有进一步疑问，可直接向我咨询具体场景下的法律风险。