关于“畅停e行”收费是否合法的问题，这并非一个可以直接用“是”或“否”来简单回答的问题，因为它涉及到多个方面的考量，包括收费主体的合法性、收费标准的合理性以及收费过程的透明度等。

首先，从收费主体的合法性来看，“畅停e行”作为一个小程序，其背后的运营公司（如参考信息中提到的重庆亿连信息科技有限公司）需要具备相应的经营资质和许可，才能合法地进行停车收费服务。如果该公司确实获得了相关部门的批准和许可，那么其收费行为在主体上是合法的。

其次，关于收费标准的合理性，这通常取决于当地政府或相关管理部门制定的停车收费政策。如果“畅停e行”的收费标准符合当地政策规定，且没有超出政策允许的范围，那么其收费行为在标准上是合理的。然而，如果存在乱收费、超标准收费等情况，那么其收费行为就可能存在问题。

最后，关于收费过程的透明度，这也是判断收费是否合法的重要因素之一。如果“畅停e行”在收费过程中能够提供清晰、准确的收费依据和明细，让车主能够明白自己为何需要支付这笔费用，以及费用的具体构成，那么其收费行为在过程上就是透明的。反之，如果存在收费不透明、模糊收费等情况，那么就可能引发车主的质疑和投诉。

针对您提供的参考信息中的两个案例，第一个案例中车主对新能源车辆停车费未减免表示不满，这更多涉及到收费政策的执行问题，而非收费本身的合法性。第二个案例中车主对费用异常表示质疑，这可能是由于系统错误或人为操作失误导致的，同样不能直接说明“畅停e行”的收费行为不合法。

综上所述，要判断“畅停e行”收费是否合法，需要综合考虑收费主体的合法性、收费标准的合理性以及收费过程的透明度等多个方面。如果您对“畅停e行”的收费行为存在疑问或不满，建议您向当地的相关管理部门（如城市管理局、物价局等）进行咨询或投诉，以获取更准确、更权威的解答。