即便老板有商铺但未注册营业执照，劳动者依然可以提出劳动仲裁。以下是对此问题的详细分析：
一、劳动仲裁的法律依据与目的
劳动仲裁是解决劳动纠纷、保障劳动者合法权益的重要途径。其目的在于通过公正、公平的程序，解决劳动者与用人单位之间的争议，确保劳动者的合法权益得到维护。根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》的相关规定，劳动者与用人单位之间因劳动报酬、工作时间、休息休假、社会保险等事项发生争议的，可以申请劳动仲裁。
二、未注册营业执照对劳动仲裁的影响
不影响劳动关系的认定：
- 营业执照是用人单位合法经营的重要凭证，但它并非认定劳动关系的唯一标准。即使老板未注册营业执照，只要劳动者与用人单位之间存在实际的劳动关系，如有工资支付凭证、工作证、考勤记录等，就可以认定双方存在劳动关系。
- 在这种情况下，劳动者依然有权向劳动争议仲裁委员会提交相关证据，申请劳动仲裁，要求老板支付工资、经济补偿等。
可能带来的程序性挑战：
- 虽然未注册营业执照不影响劳动关系的认定和劳动仲裁的申请，但在某些情况下，可能会给维权带来一些程序上的挑战。例如，在执行仲裁裁决时，可能需要先解决营业执照相关的问题，或者需要确定责任主体（是店铺经营者个人还是其他关联主体）。
- 此外，未注册营业执照的用人单位可能缺乏规范的财务管理和人事管理制度，这可能导致劳动者在收集证据时面临一定的困难。
三、劳动者的维权策略
收集证据：
- 劳动者应尽可能收集能够证明劳动关系的证据，如工资支付凭证、工作证、考勤记录、工作往来的邮件或聊天记录等。
- 如果可能的话，还可以寻找证人作证，以进一步证明劳动关系的存在。
申请劳动仲裁：
- 在收集到足够证据后，劳动者可以向当地的劳动争议仲裁委员会提交仲裁申请，要求用人单位支付拖欠的工资、经济补偿等。
- 仲裁委员会会根据具体情况进行审理和裁决，维护劳动者的合法权益。
寻求法律援助：
- 如果劳动者在维权过程中遇到困难或不确定如何操作，可以寻求法律援助或咨询专业律师的意见。
四、特殊情况下的处理
- 如果用人单位未注册营业执照且存在非法用工的情况（如使用童工、未提供劳动保护条件等），劳动者在申请劳动仲裁的同时，还可以向劳动监察部门投诉，要求对用人单位的违法行为进行查处。
- 在某些极端情况下，如果用人单位的违法行为严重侵害了劳动者的权益，劳动者还可以考虑通过诉讼途径来维护自己的合法权益。
建议：作为劳动者，在面对未注册营业执照的用人单位时，应保持警惕并尽可能收集证据以证明劳动关系的存在。如果发生劳动纠纷，不要害怕或退缩，而是应该积极寻求法律援助并申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。