您好，关于奖学金申请时间只有两天是否合法的问题，这实际上取决于各高校或相关教育机构根据教育部、财政部的指导文件所制定的具体评审办法和实施细则。

首先，我们需要明确的是，教育部和财政部确实发布了关于本专科生国家奖学金评审的相关办法，如《本专科生国家奖学金评审办法》等，这些办法主要规范了评审工作的原则、程序、内容以及申请条件等，但并未具体规定申请时间的长度。

申请时间的设定，通常是由各高校或相关教育机构根据自身的实际情况、学生人数、评审工作量等因素来综合考虑的。因此，不同高校或机构之间的申请时间可能会有所不同，有的可能较长，有的可能较短，包括您提到的两天。

从法律合规性的角度来看，只要高校或机构在设定申请时间时，遵循了公平、公正、公开的原则，并且确保了所有符合条件的学生都有足够的时间和机会来准备和提交申请材料，那么这样的申请时间设定就是合法的。

当然，如果申请时间过短，导致部分学生因时间不足而无法充分准备申请材料，从而影响了评审的公平性和公正性，那么这样的设定可能会引发争议。但这种情况并不直接等同于“不合法”，而是可能涉及到评审程序或实施细则的合理性问题。

因此，针对您的问题，如果某高校或机构设定的奖学金申请时间只有两天，但这一设定是在遵循了相关评审办法和实施细则的前提下进行的，并且确保了所有符合条件的学生都有机会参与申请，那么这样的设定就是合法的。不过，如果您认为这一设定影响了评审的公平性和公正性，或者您因时间不足而无法充分准备申请材料，您可以向学校或相关机构提出反馈或建议，以寻求更合理的解决方案。