针对您提出的“体制内上三天休九天是否合法”的问题，我们需要从法律法规和体制内休假制度的角度来进行分析。

首先，从法律法规层面来看，根据《中华人民共和国劳动法》以及《国务院关于修改〈国务院关于职工工作时间的规定〉的决定》的相关规定，劳动者每天的工作时间不应超过8小时，每周的工作时间不应超过40小时，并且每周至少应保证有1天的休息时间。在正常情况下，国家机关、社会团体、企业事业单位普遍实行的是工作5天、休息2天的标准工时制度。

对于您提到的“上三天休九天”的情况，这显然与常规的工作和休息时间安排存在显著差异。如果这种安排没有经过合法的审批程序，并且没有确保职工的休息休假权利得到充分保障，那么它很可能违反了相关的法律法规。

其次，从体制内休假制度的角度来看，党政机关工作人员的休假制度通常有明确的规定。例如，根据某些地区的暂行规定，党政机关工作人员根据参加工作的时间长短，可以享受不同天数的休假。但这些休假通常是集中安排的，并且需要遵循一定的程序和规定。

“上三天休九天”这种分散的、非连续的休假方式，并不符合常规的休假制度安排。除非有特殊的审批或安排，否则这种休假方式很可能不被允许。

综上所述，体制内“上三天休九天”的安排，在没有经过合法审批且未确保职工休息休假权利得到充分保障的情况下，是不合法的。如果您所在的单位有这样的安排，建议您先了解清楚相关的法律法规和单位制度，确保自己的权益得到保障。如有必要，您可以向相关部门或专业人士咨询以获取更准确的解答。