当您发现公司把您的病假当作事假来处理，并因此扣除了您的工资时，您可以按照以下步骤来维护自己的合法权益：
一、明确权益与前提
首先，您需要明确的是，根据相关法律法规，当您因患病或非因工负伤需要治疗时，公司应当按照规定支付您病假工资或疾病救济费，而不是将您的病假视为事假并扣除工资。这是您的合法权益，您有权依法进行维权。
二、准备相关材料与了解规定
收集证据：
- 您需要收集医院出具的诊断证明，这份证明需要清晰注明您的疾病名称以及建议休息的时长。
- 带上您的病历本，它详细记录了您的就医过程。
- 确保您有医生签字并盖有医院公章的病假条。
- 同时，准备好您的工资条和银行流水，以证明您的工资被错误扣除的情况。
了解法律法规与公司制度：
- 根据《关于贯彻执行〈中华人民共和国劳动法〉若干问题的意见》第59条，病假工资或疾病救济费不得低于当地最低工资标准的80%。
- 仔细查阅您公司的员工手册、考勤制度、薪酬制度等文件，确认病假与事假的具体规定以及薪资扣除标准。
三、友好协商与投诉
与用人单位沟通：
- 以平和的态度向您公司的人力资源部门或直接上级说明情况，提供您的正规病假证明，并要求他们按照病假来处理您的工资问题。
- 了解公司错误扣工资的原因，看是否存在误解或操作失误，并寻求合理的解决方案。
向劳动监察部门投诉：
- 如果与公司的协商没有结果，您可以向当地的劳动监察部门提交投诉。投诉时，请带上您的身份证明、劳动合同、病假证明材料以及工资条等。
- 劳动监察部门将会对您的投诉进行调查核实，如果发现公司存在违法行为，将会责令公司限期改正。
四、法律途径维权
咨询专业律师：
- 在整个维权过程中，您可以咨询专业的劳动法律师，获取他们的专业建议和指导。
- 律师将会根据您的具体情况，分析可能的法律途径和结果。
申请劳动仲裁：
- 如果劳动监察部门的处理没有解决您的问题，您可以向当地的劳动争议仲裁委员会申请仲裁。
- 提交仲裁申请书时，请写明双方的信息、仲裁请求、事实和理由，并附上相关的证据。
- 仲裁庭将会开庭审理，并根据双方的证据和陈述作出裁决。
提起诉讼：
- 如果您对劳动仲裁的结果不满意，您可以在规定的期限内向人民法院提起诉讼。
- 提交起诉状和相关证据后，法院将会受理并安排开庭审理。
- 在庭审过程中，双方将进行举证、质证和辩论，法院将会根据事实和法律作出判决。
五、注意事项与建议
- 在整个维权过程中，请您务必保持冷静和理性，避免采取过激的行为。
- 及时收集和保存所有相关的证据，确保您的维权行动有据可依。
- 学会保护自己的权益，了解并熟悉相关的法律法规和公司制度。
- 如果遇到复杂或难以解决的问题，请及时寻求专业律师的帮助。
综上所述，当您的病假被当作事假来处理并扣除工资时，您应首先明确自己的权益，然后通过友好协商、投诉、法律途径等方式来逐步维权。在整个过程中，请保持冷静和理性，并确保所有行动都基于充分的证据和法律支持。