在我国，企业直接对员工旷工两天扣罚两千元是否合法，需依据企业规章制度及法律规定具体判断，不能一概而论地说合法或不合法。以下从不同角度为您详细分析：
企业规章制度合法性角度
内容合法性：
- 企业规章制度中关于旷工罚款的规定，不得违反法律、法规的强制性规定。罚款金额应合理，不能过高或过低，且不能与缺勤期间的工资损失严重不符。例如，旷工两天扣罚两千元，这个金额是否合理，需要结合员工的工资水平、旷工给企业造成的实际损失等因素综合判断。如果罚款金额过高，可能被视为不合理。
程序民主性：
- 企业在制定涉及劳动者切身利益的规章制度时，如劳动纪律、劳动报酬等，应当经过职工代表大会或者全体职工讨论，并与工会或职工代表平等协商确定。如果企业未经过这一程序，直接制定并实施罚款制度，那么该制度可能因程序不合法而无效。
公示告知性：
- 企业应当将制定的规章制度进行公示或告知劳动者，以确保员工了解并遵守相关规定。如果企业未将罚款制度公示或告知员工，员工有权主张不知情，从而拒绝接受罚款。
法律规定角度
- 自2008年1月15日国务院废止《企业职工奖惩条例》后，我国法律未再直接赋予用人单位对劳动者进行罚款的权力。因此，从法律依据层面看，企业直接设定罚款制度缺乏明确的上位法支持。但这并不意味着企业完全不能对旷工员工进行管理，企业可以采取其他合法措施，如扣减相应工资或解除劳动合同。
合法管理措施角度
扣减相应工资：
- 根据《工资支付暂行规定》，对于劳动者缺勤的情况，企业可以不支付缺勤期间的工资。但扣除后的工资不得低于当地最低工资标准，以保障劳动者的基本生活需求。如果企业扣罚的金额超过了员工旷工期间应扣的工资，那么超出的部分可能被视为不合理。
解除劳动合同：
- 如果企业的规章制度明确规定旷工达到一定天数属于严重违反用人单位规章制度，并且该规章制度已经过民主程序制定且向劳动者公示或告知，那么企业可以依据《劳动合同法》第三十九条的规定，以劳动者严重违反用人单位规章制度为由解除劳动合同，且无需支付经济补偿。但这一措施并不涉及直接罚款，而是解除劳动关系。
员工权益保护角度
- 如果企业违反法律规定或规章制度对员工进行不合理罚款，员工有权与企业协商解决；协商不成的，可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。
建议：
- 对于企业而言，应确保规章制度的合法性和合理性，避免不必要的法律纠纷。在制定罚款制度时，应充分考虑员工的实际情况和企业的实际需求，确保罚款金额合理、程序合法。
- 对于员工而言，如果认为企业的罚款制度不合理或未经过合法程序制定，有权拒绝接受罚款，并可以通过合法途径维护自己的权益。
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