结论：旷工扣工资两千多是否合理，不能一概而论，需要结合具体情况来判断，包括旷工天数、工资水平以及公司规章制度等。
分析说明：
旷工当天工资扣除：
- 根据劳动对价原则，员工旷工当天未提供劳动，用人单位有权不支付其当日工资。这是合理且合法的做法。
- 如果员工旷工一天，而公司扣除的工资远超过其当天的工资水平，那么这种扣除可能就不合理了。
经济损失赔偿：
- 若旷工行为给用人单位造成了经济损失，用人单位有权要求员工赔偿。但赔偿金额应从员工工资中扣除时，需遵循一定限制：每月扣除的部分不得超过员工当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地月最低工资标准。
- 如果公司扣除的两千多元工资中，包含了因旷工造成的经济损失赔偿，那么需要核实赔偿金额是否合理，是否超过了上述限制。
公司规章制度：
- 用人单位在制定旷工扣工资的规定时，应确保规定内容合法、合理，并符合公平原则。这些规定应明确体现在劳动合同或内部规章制度中，且需经过职工代表大会或全体职工讨论，并与工会或职工代表平等协商确定。
- 如果公司规章制度中明确规定了旷工扣工资的标准，且该标准合法合理，那么按照规章制度执行是合理的。但如果规章制度中的规定过于苛刻或不合理，员工有权提出异议。
实际操作建议：
- 核实旷工天数和工资水平：首先，需要核实员工旷工的具体天数以及当月的工资水平，以确定扣除的工资是否合理。
- 审查公司规章制度：其次，需要审查公司的规章制度，看其中是否有关于旷工扣工资的具体规定，以及这些规定是否合法合理。
- 协商与投诉：如果员工认为公司扣除的工资不合理，可以与公司进行协商，要求其纠正不合理的做法。如果协商不成，员工可以向劳动监察部门投诉，或通过劳动仲裁、诉讼等法律途径来维护自己的合法权益。
举例说明：
假设员工当月工资为5000元，旷工一天，按照劳动对价原则，公司可以不支付其当天的工资（假设当天工资为200元）。如果公司扣除的工资远超过200元，甚至达到两千多元，那么这种扣除显然是不合理的。除非公司能证明旷工行为给其造成了重大经济损失，且扣除的金额符合经济损失赔偿的限制条件。
后续行动建议：
如果您遇到了旷工扣工资两千多的情况，建议您先核实自己的旷工天数和工资水平，然后审查公司的规章制度。如果您认为扣除的工资不合理，可以与公司进行协商。如果协商不成，您可以向当地的劳动监察部门投诉，或者通过劳动仲裁、诉讼等法律途径来维护自己的合法权益。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。