旷工扣两倍工资一般是不合法的。以下从法律依据、合法扣工资的条件与程序、以及实际操作建议三个角度进行详细分析：

一、法律依据

1. 《中华人民共和国劳动法》第五十条规定：“工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。”这明确表明，用人单位在扣除员工工资时必须有合法依据，不能随意扣减。

2. 《工资支付暂行规定》第十六条进一步规定：“因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。”这一规定为旷工扣工资提供了具体的操作指南，但并未赋予企业旷工扣双倍工资的权利。

二、合法扣工资的条件与程序

1. 明确规章制度：

   • 用人单位应制定明确的劳动纪律和考勤制度，并在劳动合同或员工手册中明确规定旷工的定义、后果及扣发工资的标准。
   • 规章制度需经过民主程序制定，并向劳动者公示，确保其知晓并同意遵守。

2. 旷工事实认定：

   • 用人单位应有充分的证据证明员工存在旷工行为，如考勤记录、监控视频等。
   • 在认定旷工时，应排除不可抗力因素导致的缺勤，如自然灾害、突发疾病等。

3. 履行告知义务：

   • 在扣除工资前，用人单位应以书面形式通知员工旷工的事实、拟扣除的工资数额及依据。
   • 给予员工陈述和申辩的机会，确保其合法权益不受侵害。

4. 合理扣除工资：

   • 扣除的工资数额应与旷工造成的实际损失相当，且不得超过法律规定的上限（即当月工资的20%）。
   • 扣除后的剩余工资不得低于当地月最低工资标准。

5. 保留证据：

   • 用人单位应妥善保存与旷工扣工资相关的所有证据，以备不时之需。

三、实际操作建议

1. 避免双重处罚：用人单位不得对员工的同一旷工行为既进行罚款又扣除工资，以免构成重复处罚。

2. 保障员工基本生活：即使员工存在旷工行为，用人单位也应确保其扣除工资后的收入不低于当地最低生活保障水平。

3. 及时沟通解决：对于员工的旷工行为，用人单位应及时与员工进行沟通，了解其原因并寻求解决方案，而非直接采取扣工资的措施。如果员工对扣工资有异议，可以通过劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维权。

总结来说，旷工扣两倍工资一般是不合法的。用人单位在扣除旷工员工工资时，必须遵循法律规定，确保合法合规。如果遇到此类情况，劳动者可以与企业协商，协商不成则可以通过法律途径来维护自己的合法权益。如果您有任何法律问题，可以直接向我咨询。