结论：旷工扣两天工资是否合法，不能一概而论，需结合具体情况判断。以下从不同角度进行分析：

1. 从劳动合同或公司规章制度的角度

   • 合法情形：如果劳动合同中明确约定了旷工的处罚措施，包括扣减工资的具体数额或比例，且该约定不违反法律法规的强制性规定，同时公司规章制度中也对此有明确规定，并经过了民主程序制定（如职工代表大会讨论、公示等），且员工已知晓并同意，那么旷工扣两天工资可能是合法的。
   • 不合法情形：如果劳动合同或公司规章制度中没有明确约定旷工扣工资的具体数额或比例，或者约定违反了法律法规的强制性规定（如扣减工资超过法定比例），或者公司规章制度未经民主程序制定，或者员工不知晓也未同意，那么旷工扣两天工资就可能是不合法的。

2. 从法律法规的角度

   • 工资支付规定：根据《工资支付暂行规定》等相关法律法规，用人单位不得无故克扣员工工资。旷工虽然属于违反公司规章制度的行为，但扣减工资应当有合理的依据和比例，不能随意扣减。
   • 扣减工资的限制：一般来说，用人单位因员工旷工而扣减工资时，扣减的部分不应超过员工当月工资的20%，且扣减后的工资不得低于当地最低工资标准。如果旷工扣两天工资导致员工当月工资低于这一标准，那么这种扣减就是不合法的。

3. 从实际操作的角度

   • 建议措施：如果员工认为旷工扣两天工资不合法，可以先与公司进行协商，要求公司出示相关的劳动合同、规章制度以及扣减工资的依据。如果协商无果，员工可以向当地劳动监察部门投诉，或者申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
   • 注意事项：在处理此类纠纷时，员工应注意保留好相关的证据，如劳动合同、工资条、考勤记录等，以便在需要时提供证明。

法律背景与建议：

• 旷工扣工资的问题涉及到劳动合同、公司规章制度以及法律法规等多个方面。因此，在处理此类问题时，需要综合考虑多个因素，不能仅凭一方之言就做出判断。
• 如果员工对旷工扣工资的问题存在疑问或不满，建议及时咨询专业律师或劳动监察部门，了解自己的权益和义务，以便更好地维护自己的合法权益。

可能的法律后果：

• 如果公司旷工扣工资的行为被认定为不合法，那么公司可能需要承担补发工资、支付经济补偿金等法律责任。同时，公司的声誉和形象也可能受到一定影响。
• 如果员工因旷工被公司合法扣减工资后，仍然对处理结果不满，可以通过法律途径进行维权。但需要注意的是，维权过程中应遵守法律法规和程序规定，避免采取过激行为或违法手段。