旷工扣工资是否合法，需根据具体情况综合分析，不能一概而论。以下是从不同角度进行的详细分析：
一、法律规定角度
《中华人民共和国劳动法》第五十条：工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这表明，用人单位在扣除员工工资时必须有合法依据，不能随意克扣。
《工资支付暂行规定》第十六条：因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。这一规定为旷工扣工资提供了具体的操作指南，即扣除工资必须有合法依据，且扣除幅度有限制。
二、劳动合同与规章制度方面
规章制度合法性：用人单位应制定明确的劳动纪律和考勤制度，并在劳动合同或员工手册中明确规定旷工的定义、后果及扣发工资的标准。规章制度需经过民主程序制定，并向劳动者公示，确保其知晓并同意遵守。如果规章制度未经过民主程序制定或未向劳动者公示，那么该规章制度可能无效，用人单位不能据此随意克扣工资。
劳动合同约定：双方劳动合同中应有关于旷工扣薪的相关约定。如果劳动合同中没有明确约定，那么用人单位在扣除工资时可能缺乏合法依据。同时，即使劳动合同中有约定，扣薪幅度也需符合法律规定，即每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。
三、旷工事实认定与扣薪合理性
旷工事实认定：用人单位应有充分的证据证明员工存在旷工行为，如考勤记录、监控视频等。在认定旷工时，应排除不可抗力因素导致的缺勤，如自然灾害、突发疾病等。如果用人单位无法证明员工存在旷工行为，那么扣除工资就是不合法的。
扣薪合理性：扣除的工资数额应与旷工造成的实际损失相当。如果旷工行为并未给用人单位造成实际损失，或者损失金额远低于扣除的工资数额，那么这种扣除就是不合理的。同时，扣除后的剩余工资不得低于当地月最低工资标准，以确保劳动者的基本生活需求。
四、特殊情况处理
在特定情况下，如果劳动者旷工行为确实给用人单位造成了实际且明确的重大经济损失，并且用人单位能够充分举证证明损失金额，那么用人单位有权要求劳动者赔偿损失，并从工资中合理扣除相应款项。但这种扣除仍需遵循法律规定，即每月扣除部分不得超过劳动者当月工资的20%，并确保扣除后剩余工资不低于当地月最低工资标准。
五、建议与指导
对于劳动者：如果面临旷工扣工资的情况，应先与用人单位沟通协商，了解其扣薪依据和理由。若认为扣薪行为不合法，可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。
对于用人单位：在制定和执行劳动纪律时，应确保规章制度合法、合理，并严格按照法律规定执行。同时，应加强与劳动者的沟通，了解旷工原因并寻求解决方案，而非直接采取扣工资的措施。
总结来说，旷工扣工资是否合法取决于多个因素，包括规章制度合法性、劳动合同约定、旷工事实认定、扣薪合理性以及特殊情况处理等。如果用人单位在扣除工资时能够遵循法律规定，确保合法合规，那么这种扣除就是合法的；反之，则是不合法的。因此，在面对旷工扣工资的情况时，劳动者和用人单位都应了解相关法律法规，以便在权益受到侵害时及时维权或避免法律纠纷。