旷工两天扣三天工资是否合法，需根据具体情况分析，但通常情况下直接扣三天工资是不合法的。下面我将从多个角度为你详细分析：

法律规定角度

根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可要求赔偿，并从工资中扣除，但每月扣除部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后剩余工资低于当地月最低工资标准，则需按最低工资标准支付。旷工作为违反劳动纪律的行为，用人单位有权进行管理和惩戒，但直接扣三天工资往往超出了法律规定的合理扣除范围。

劳动合同与规章制度方面

1. 规章制度合法性：用人单位在劳动合同或规章制度中规定旷工扣三天工资时，该条款需满足合法性要求，即经过民主程序制定、向劳动者公示告知，且不违反法律法规的强制性规定。若规章制度未满足上述条件，或内容本身不合理（如高额克扣），则该条款无效，用人单位不能据此随意克扣工资。

2. 实际操作建议：如果公司规章制度明确、合法且经过了员工的同意或公示，并且在扣除工资时严格遵循了法律规定，那么这种扣除可能是合法的。但即便如此，直接扣三天工资也往往显得过于严苛，不符合一般的管理实践。

特殊情况处理

在特定情况下，如果劳动者旷工行为确实给用人单位造成了实际且明确的重大经济损失，并且用人单位能够充分举证证明损失金额，那么用人单位有权要求劳动者赔偿损失，并从工资中合理扣除相应款项。但这种扣除仍需遵循法律规定，即每月扣除部分不得超过劳动者当月工资的20%，并确保扣除后剩余工资不低于当地月最低工资标准。

工资计算与扣除示例

假设某员工月工资为5000元，当地月最低工资标准为2000元。

1. 旷工两天工资扣除：

   • 旷工两天，用人单位有权不支付这两天的工资。日工资计算方式为：月工资收入除以月计薪天数（一般为21.75天），即5000元/21.75天≈229.89元/天。
   • 因此，旷工两天应扣除的工资为：229.89元/天×2天=459.78元。

2. 额外扣除的合法性：

   • 用人单位不得因员工旷工而额外扣除其他正常工作日的工资。即，不能因旷工两天而扣除三天的工资（459.78元+229.89元=689.67元，这超出了旷工两天的实际工资损失）。

3. 经济损失赔偿的扣除：

   • 如果员工旷工给用人单位造成了经济损失，且赔偿金额经双方确认或法院判决为1000元。
   • 则用人单位可从员工工资中扣除的金额为：min(1000元, 5000元×20%)=1000元（但需确保扣除后剩余工资不低于2000元）。
   • 在此情况下，若员工当月已工作部分工资足够覆盖扣除金额，则可直接扣除；若不足，则需按最低工资标准支付剩余工资。

综合建议

1. 对于用人单位：在制定相关规章制度时，应确保其内容合法、合理，并严格按照法律规定执行。避免制定过于严苛的扣罚条款，以维护劳动者的合法权益。

2. 对于劳动者：应了解相关法律法规，以便在权益受到侵害时及时维权。如果遇到用人单位不合理扣罚工资的情况，可以与用人单位沟通协商，要求按照实际旷工天数合理扣除工资；如果协商无果，可以向当地的劳动争议仲裁委员会申请仲裁或向劳动监察部门投诉。

总之，旷工两天扣三天工资的做法在法律上并非绝对合法或非法，而是取决于具体的企业规章制度、劳动合同的约定以及扣罚方式的合理性和合法性。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。