旷工三天扣9天工资是不合法的。以下从多个角度为你详细分析：
一、法律依据与劳动报酬保障
根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。同时，《工资支付暂行规定》第十六条也明确指出，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资部分不得低于当地月最低工资标准。
这意味着，用人单位在处理员工旷工问题时，必须严格遵守这些法律规定，确保员工的劳动报酬不受非法侵害。旷工三天扣9天工资的做法，显然超出了法律规定的合理扣除范围，构成了对劳动者劳动报酬权益的侵害。
二、旷工与工资扣除的合理关系
旷工是指员工未经批准或未履行请假手续而未到岗上班的行为。对于旷工行为，用人单位有权不支付其未提供劳动期间的工资，但这并不等同于可以进行惩罚性罚款。员工工作一天应获得一天的工资，相应地，缺勤一天，用人单位可以不支付当天的工资。然而，规定旷工三天扣9天工资，显然超出了这一合理范围，因为员工并未提供9天的劳动，用人单位也无权因此扣除9天的工资。
三、合法扣工资的情形与限制
在特定情况下，如劳动者旷工行为确实给用人单位造成了实际且明确的重大经济损失，并且用人单位能够充分举证证明损失金额，那么用人单位有权要求劳动者赔偿损失，并从工资中合理扣除相应款项。但这种扣除仍需遵循法律规定，即每月扣除部分不得超过劳动者当月工资的20%，并确保扣除后剩余工资不低于当地月最低工资标准。
四、劳动者的维权途径
如果劳动者遇到不合理扣工资的情况，可以采取以下措施维护自己的合法权益：
五、对用人单位的建议
对于用人单位而言，应严格遵守相关法律法规，制定合法、合理的规章制度，并在处理员工旷工问题时，确保员工的合法权益不受侵害。同时，用人单位也应加强内部管理，提高员工对规章制度的认知度和遵守度，以减少旷工等违规行为的发生。
综上所述，旷工三天扣9天工资的做法是不合法的。如果你或你身边的人遇到了类似的问题，可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律帮助。