公司规章制度规定旷工罚款是否合法需分情况讨论：

1. 罚款的合法性基础
   根据《劳动合同法》第四条及《企业职工奖惩条例》（已废止）的立法精神，用人单位无权在规章制度中设定罚款条款。原劳动部《工资支付暂行规定》第十六条虽允许“劳动者赔偿经济损失”的扣减工资情形，但需满足三个条件：

   • 劳动者存在故意或重大过失；
     
   • 每月扣减不得超过工资的20%；
     
   • 扣减后工资不得低于当地最低工资标准。
     若公司以“旷工罚款”名义直接扣减工资，且未满足上述条件，则属于违法克扣工资。

2. 旷工处理的合法路径
   公司可通过以下合法方式管理旷工行为：

   • 纪律处分：在规章制度中明确旷工属于严重违反劳动纪律的行为，并设定警告、记过、解除劳动合同等梯度处分措施（需经民主程序制定并公示）。
     
   • 扣减绩效工资：若旷工导致未提供劳动，公司可依据规章制度扣减与出勤挂钩的绩效工资部分（需与旷工行为存在直接关联性）。
     
   • 解除劳动合同：根据《劳动合同法》第三十九条，劳动者严重违反用人单位规章制度的，公司可单方解除劳动合同且无需支付经济补偿。

3. 实务建议

   • 规章制度合法性审查：确保旷工处理条款经职工代表大会或全体职工讨论、协商确定，并向劳动者公示或告知。
     
   • 避免“罚款”表述：改用“扣减工资”或“绩效评分”等中性表述，并明确扣减规则与旷工行为的因果关系。
     
   • 留存证据：对旷工行为进行书面记录（如考勤表、返岗通知等），作为后续处理的依据。
     

结论：公司规章制度中直接规定“旷工罚款”的条款因缺乏法律依据而无效，但可通过合法途径设定与旷工行为匹配的纪律处分或工资扣减规则。如有具体案例或制度文本需要分析，可进一步向我咨询。