在婚姻存续期间，可以起诉离婚的同时，就分居期间子女的抚养费问题单独提起诉讼，但一般建议将两者在离婚诉讼中一并处理。以下从不同角度为您详细分析：
一、法律角度
离婚诉讼与抚养费诉讼的独立性
- 离婚诉讼主要解决的是夫妻双方婚姻关系的解除、财产分割、债务承担等问题。
- 抚养费诉讼则主要关注未成年子女或不能独立生活的成年子女在父母未履行抚养义务时的抚养费请求。
- 两者在法律上属于不同的案由，当事人也存在差别，因此理论上可以分开起诉。
抚养费请求的法律依据
- 根据《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民法典〉婚姻家庭编的解释（一）》第四十三条：“婚姻关系存续期间，父母双方或者一方拒不履行抚养子女义务，未成年子女或者不能独立生活的成年子女请求支付抚养费的，人民法院应予支持。”
- 这意味着，无论婚姻关系是否存续，只要父母未履行抚养义务，子女都有权请求支付抚养费。
二、实务角度
一并处理的优势
- 从减少当事人诉累的角度看，对于分居期间的抚养费，在离婚诉讼中一并处理效果更好。这样可以避免子女再另外提起一个诉讼，节省时间和精力。
- 同时，法院在审理离婚案件时，也会综合考虑子女的抚养问题，包括抚养费的数额、支付方式等，因此一并处理更有利于保障子女的权益。
分开起诉的可行性
- 如果选择分开起诉，即先提起离婚诉讼，再就抚养费问题单独提起诉讼，这也是可行的。但需要注意的是，这样可能会增加诉讼成本和时间成本。
- 另外，如果离婚诉讼已经判决或调解结案，再就抚养费问题提起诉讼时，法院可能会根据之前的判决或调解结果进行考量。
三、建议与注意事项
建议一并处理
- 除非有特殊情况（如抚养费问题复杂、需要单独调查取证等），否则建议将离婚诉讼与抚养费诉讼一并处理。
- 这样不仅可以减少诉累，还可以确保法院在审理时能够全面考虑子女的抚养问题。
注意事项
- 在提起诉讼前，建议收集好相关证据，如分居期间的抚养记录、对方未履行抚养义务的证据等。
- 同时，要明确诉讼请求和事实理由，确保诉讼的针对性和有效性。
- 如果对诉讼程序或法律适用有疑问，可以及时咨询专业律师（比如我）以获取更准确的法律建议。
举例说明：假设夫妻双方因感情不和已经分居多年，且子女一直随一方生活。在此期间，另一方未支付任何抚养费。现在，一方想要提起离婚诉讼，并同时要求对方支付分居期间的抚养费。在这种情况下，可以选择在离婚诉讼中一并提出抚养费请求，也可以选择先提起离婚诉讼，再就抚养费问题单独提起诉讼。但考虑到效率和成本，建议选择一并处理。