在职期间被克扣的绩效、提成、加班费、年终奖等与工资有关的费用，在仲裁时都是可以申请仲裁的事项。

一. 绩效、提成、加班费、年终奖均属于劳动报酬的范畴

• 根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二条，劳动争议仲裁适用于因劳动报酬、工伤医疗费、经济补偿或者赔偿金等发生的争议。绩效、提成、加班费、年终奖作为劳动报酬的一部分，如果因为各种原因被克扣，就涉及劳动报酬的争议。

二. 具体法律依据

• 1. 绩效、提成：依据《中华人民共和国劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。绩效、提成作为工资的一部分，同样受到此法律条文的保护。
• 2. 加班费：《中华人民共和国劳动法》第四十四条明确规定了加班费的支付标准，即安排劳动者延长工作时间的，支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬；休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬；法定休假日安排劳动者工作的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。因此，加班费被克扣也可以申请仲裁。
• 3. 年终奖：年终奖作为劳动报酬的一部分，如果因为绩效被扣钱，同样涉及劳动报酬的争议，可以根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二条申请仲裁。

三. 仲裁流程与注意事项

• 申请劳动仲裁需要按照法定程序进行，包括提交仲裁申请书、提供相关证据等。
• 注意仲裁时效，一般劳动争议的仲裁时效为一年，从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。

综上所述，在职期间被克扣的绩效、提成、加班费、年终奖等与工资有关的费用，在仲裁时都是可以申请仲裁的事项。如果遭遇此类情况，劳动者可以依法向当地劳动争议仲裁委员会申请仲裁，维护自己的合法权益。如有进一步需要，您可以继续咨询我。