核心结论：若您同时在两家公司任职，且其中一家工资不足5000元，可能涉及税务、劳动法及合同合规等多方面问题，需根据具体情况处理。以下是详细分析：

1. 税务合规性：工资不足5000元是否影响个税申报？

• 个税起征点：根据《个人所得税法》，每月工资收入不超过5000元的部分免征个税。若您在一家公司的工资不足5000元，且另一家公司的收入合并后仍不超过5000元，则无需缴纳个税；若合并后超过5000元，需按综合所得计税。
• 风险提示：若两家公司均未为您申报个税，或申报收入与实际不符，可能涉及偷逃税款风险。建议主动向税务机关申报综合所得，避免法律责任。

2. 劳动法合规性：同时任职两家公司是否合法？

• 非全日制用工：根据《劳动合同法》，非全日制劳动者可与一个或多个用人单位订立劳动合同，但后订立的合同不得影响先订立的合同履行。若您与两家公司均为非全日制关系（如每日工作不超过4小时，每周不超过24小时），则合法。
• 全日制用工限制：若您与其中一家公司为全日制劳动关系，则通常不得再与其他单位建立全日制劳动关系，否则可能违反《劳动合同法》第39条，用人单位可解除合同且无需支付补偿。
• 建议行动：检查与两家公司的劳动合同类型，若存在全日制冲突，需与一方协商解除或转为非全日制。

3. 合同合规性：工资不足5000元是否违反约定？

• 合同约定审查：若您与工资不足5000元的公司签订的劳动合同中明确约定了工资标准，且实际发放低于约定，则公司构成违约，您可要求补足差额或解除合同并主张经济补偿。
• 最低工资标准：根据《劳动法》，用人单位支付的工资不得低于当地最低工资标准（如北京为2420元/月）。若工资低于最低标准，您可向劳动监察部门投诉，要求公司补足并支付赔偿金。

4. 社保与公积金缴纳问题

• 缴纳义务：无论工资高低，用人单位均需为您缴纳社保和公积金。若工资不足5000元的公司未缴纳，您可向社保局或公积金管理中心投诉，要求补缴。
• 多单位缴纳限制：若两家公司均为您缴纳社保，可能涉及重复缴纳问题。建议与一方协商停缴，避免后续转移接续麻烦。

5. 实务建议

• 整理证据：保存与两家公司的劳动合同、工资条、考勤记录等证据，以备维权使用。
• 协商优先：先与工资不足5000元的公司沟通，要求调整工资或补足差额。
• 法律途径：若协商无果，可向劳动仲裁委员会申请仲裁，主张工资差额、经济补偿等权益。

总结：您需结合税务、劳动法及合同条款，综合判断工资不足5000元的具体影响。若存在违法情形，建议通过协商或法律途径解决。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体细节。