结论前置：
- 若劳动合同变更仅涉及用人单位名称、法定代表人等非实质性条款，且变更后原合同权利义务继续履行，员工未提交离职申请不影响合同效力。
- 若劳动合同变更涉及用人单位主体实质变更（如原公司注销、新公司成立），且未协商一致，员工未提交离职申请可能构成事实解除，需结合具体情形判断。
一、劳动合同变更的合法性前提
根据《劳动合同法》第三十五条，劳动合同变更需满足“协商一致+书面形式”。若用人单位仅变更名称、法定代表人、主要负责人或投资人等非实质性条款，且未降低劳动条件（如薪资、岗位、工作地点），员工未提交离职申请不影响合同继续履行。例如：
- 案例：A公司更名为B公司，劳动合同中用人单位名称同步变更，但员工薪资、岗位未变，员工未提交离职申请，合同仍有效。
二、用人单位主体实质变更的情形
若劳动合同变更涉及用人单位主体实质变更（如原公司注销、新公司成立），需区分两种情形：
- 协商一致变更：若用人单位与员工协商一致，签订书面变更协议，员工未提交离职申请不影响新合同效力。例如：
- 案例：C公司注销，新设D公司承接原合同权利义务，员工签署变更协议后继续工作，合同有效。
- 未协商一致变更：若用人单位未与员工协商，单方变更合同主体（如强制要求员工与关联公司签约），员工未提交离职申请可能构成事实解除。根据《劳动合同法》第三十八条，员工可主张经济补偿。例如：
- 案例：E公司未与员工协商，要求员工与F公司签约，员工拒绝并继续在E公司工作，后E公司停发工资，员工可主张E公司违法解除，要求赔偿金。
三、员工未提交离职申请的法律后果
- 非实质性变更：员工未提交离职申请，视为接受变更，合同继续履行。
- 实质性变更未协商一致：
- 若员工继续工作：可能视为以实际行动接受变更，但需结合具体情形判断（如是否签署变更协议、是否提出异议）。
- 若员工拒绝工作：可能构成“被迫解除”，可主张经济补偿。计算公式为：经济补偿=工作年限×月工资（工作年限满1年计1个月，6个月以上不满1年计1个月，不满6个月计0.5个月）。
四、实务建议
- 审查变更协议：若用人单位要求变更合同主体，务必要求签署书面变更协议，明确权利义务承接方。
- 保留证据：若拒绝变更，需保留用人单位单方变更的证据（如通知、邮件等），以便主张权利。
- 及时主张权利：若认为用人单位违法变更，需在1年内申请劳动仲裁，逾期可能丧失权利。
总结：劳动合同变更单位时，员工未提交离职申请是否有效，需结合变更性质（非实质性/实质性）、是否协商一致等因素判断。建议遇到此类问题时，及时咨询专业律师，避免权益受损。