结论前置：

1. 从合规性角度，给离职人员补发原来扣款的工资，一般建议将其纳入总工资表，以确保财务和税务记录的完整性和合规性。
2. 从实际操作角度，若补发金额较小且不影响整体财务记录，也可考虑单独制作补发工资表，但需确保有完整的记录和审批流程。

详细分析：

一、合规性角度

在劳动法和财务管理的框架下，企业对于员工的工资发放，包括补发工资，都需要有明确的记录和凭证。将离职人员补发的工资纳入总工资表，可以确保以下几点：

1. 财务记录的完整性：总工资表是企业财务记录的重要组成部分，它反映了企业每月向员工支付工资的全貌。将补发工资纳入其中，可以保持财务记录的连续性和完整性。

2. 税务合规性：根据税法规定，企业向员工支付的工资薪金需要依法申报纳税。将补发工资纳入总工资表，可以确保税务申报的准确性和合规性，避免因漏报或错报而引发的税务风险。

3. 法律证据的充分性：在劳动争议中，工资记录是重要的证据之一。将补发工资纳入总工资表，可以为企业在劳动争议中提供充分的法律证据，维护企业的合法权益。

二、实际操作角度

虽然从合规性角度建议将补发工资纳入总工资表，但在实际操作中，也可能存在一些特殊情况或考虑因素：

1. 补发金额较小：如果补发的工资金额较小，且不影响整体财务记录，企业也可以考虑单独制作补发工资表。但这种情况下，企业需要确保有完整的记录和审批流程，以避免因记录不全或审批不当而引发的风险。

2. 离职手续已办结：对于已办结离职手续的员工，如果补发工资涉及的是离职前的扣款或调整，企业也可以考虑与员工协商，通过银行转账或其他方式直接支付补发工资，并保留相关的支付凭证和记录。但这种情况下，企业同样需要确保有完整的记录和审批流程。

三、建议与注意事项

1. 完善内部制度：企业应建立完善的工资管理制度和审批流程，明确补发工资的记录和审批要求，以确保补发工资的合规性和准确性。

2. 保留相关凭证：无论采用哪种方式补发工资，企业都应保留相关的支付凭证和记录，如银行转账记录、工资表、审批单等，以备查验。

3. 及时沟通与协商：在补发工资过程中，企业应与员工保持及时沟通与协商，确保双方对补发金额、支付方式等事项达成一致意见，避免因沟通不畅而引发的纠纷。

综上所述，给离职人员补发原来扣款的工资，一般建议将其纳入总工资表以确保合规性。但在实际操作中，企业也可以根据具体情况和考虑因素进行灵活处理。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。