绩效工资包含加班工资且员工有签字的情况是否合法，需结合具体情况来判断。以下从不同角度进行分析：
一、劳动合同的约定
若劳动合同中有明确约定：如果劳动合同中明确规定了绩效工资的计算方式，且该计算方式中包含了加班工资，同时员工在签署劳动合同时对此表示了认可（即签字确认），那么这种包含加班工资的绩效工资计算方式在合同层面是合法的。因为劳动合同是双方自愿达成的协议，只要不违反法律法规的强制性规定，就具有法律效力。
若劳动合同中无明确约定：如果劳动合同中没有明确规定绩效工资的计算方式，或者规定中未包含加班工资，但公司却在实际操作中将加班工资纳入绩效工资中，且员工对此并不知情或未表示认可，那么这种做法可能存在法律风险。因为公司单方面改变工资计算方式，可能侵犯了员工的合法权益。
二、法律法规的规定
加班工资的支付：根据《中华人民共和国劳动法》的相关规定，用人单位安排劳动者加班的，应当按照国家有关规定支付加班费。这意味着加班工资是劳动者应得的额外报酬，不应被随意纳入其他工资项目中。
绩效工资的合法性：绩效工资本身并不违法，但关键在于其计算方式和支付标准是否合法合理。如果绩效工资的计算方式违反了法律法规的强制性规定（如低于最低工资标准、未支付加班费等），那么这种绩效工资制度就是违法的。
三、员工签字的法律效力
签字表示认可：员工在绩效工资计算方式或相关文件上签字，通常表示其对文件内容的认可和接受。如果签字是员工真实意思的表示，且不违反法律法规的强制性规定，那么这种签字是具有法律效力的。
签字并非绝对合法：然而，签字并不意味着绝对合法。如果公司在制定绩效工资制度时存在欺诈、胁迫等违法行为，或者绩效工资制度本身违反了法律法规的强制性规定，那么即使员工签了字，这种制度也是违法的。
建议与风险提示
对于员工：在签署劳动合同时，应仔细阅读合同条款，特别是关于工资计算和支付的部分。如果发现合同中有不明确或不合理的地方，应及时向公司提出并协商解决。同时，保留好相关证据（如劳动合同、工资条等），以便在发生纠纷时维护自己的合法权益。
对于公司：在制定绩效工资制度时，应确保制度合法合理，并明确告知员工绩效工资的计算方式和支付标准。如果需要将加班工资纳入绩效工资中，应在劳动合同中明确约定，并确保这种约定不违反法律法规的强制性规定。
综上所述，绩效工资包含加班工资且员工有签字的情况是否合法，需结合劳动合同的约定、法律法规的规定以及员工签字的法律效力等因素进行综合判断。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。