结论：事业单位退休时若存在两年未参加考核的情况，通常不会对退休手续办理及退休待遇产生实质性影响，但需结合单位考核制度及地方规定综合判断。以下是具体分析：

1. 考核与退休的直接关联性

根据现行事业单位人事管理规定，退休的核心条件是达到法定退休年龄且养老保险缴费年限满足要求，考核结果一般不作为退休审批的必备条件。即使退休前两年未参加考核，只要符合退休年龄和缴费年限要求，单位仍应依法办理退休手续。

2. 未参加考核的可能影响

• 工资晋升与绩效奖励：若单位将考核结果与工资调整、绩效工资发放挂钩，未参加考核可能导致退休前两年工资未正常晋升或绩效奖励缺失，但不影响退休后基本养老金的计算（养老金主要依据缴费基数和年限）。
  
• 职称评定或岗位晋升：若未参加考核涉及职称评审或岗位竞聘，可能间接影响退休前的职务等级，但退休后待遇通常按退休时的职务等级确定，已形成的职务状态不受后续考核影响。
  
• 单位内部规定：部分单位可能将考核与退休待遇挂钩（如补充养老保险、住房补贴等），需查阅单位具体规章制度。若单位规定“未参加考核视为不称职”并影响待遇，需核实该规定是否合法合规（如是否经过职工代表大会审议通过）。

3. 法律救济途径

若单位以“未参加考核”为由拒绝办理退休或降低待遇，可采取以下措施：

• 与单位协商：要求单位出具书面依据，说明拒绝办理退休或扣减待遇的具体条款。
  
• 向主管部门投诉：向事业单位上级主管部门或人社部门反映情况，要求督促单位依法办理退休手续。
  
• 申请劳动仲裁：若涉及待遇争议，可向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，主张单位行为违法（需注意退休争议可能不属于劳动仲裁受理范围，需结合地方规定）。

4. 实务建议

• 核实单位制度：优先查阅单位《考核管理办法》《退休管理办法》等文件，确认未参加考核的具体后果。
  
• 保留证据：保存工资条、考核通知、退休审批表等材料，以备后续维权使用。
  
• 及时沟通：若因特殊原因（如病假、外派）未参加考核，可向单位说明情况并补交相关证明。

总结：两年未参加考核通常不阻碍退休手续办理，但可能影响退休前部分待遇。建议优先与单位沟通，若协商无果可依法维权。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体处理方案。