工厂扣叉车费是否违法，需结合具体情况判断，但一般情况下，工厂无权直接扣除叉车证考试费用。以下从不同角度进行分析：

1. 劳动合同与培训费用约定

• 若劳动合同或培训协议中有明确约定：例如，双方约定员工需服务满一定期限（如1年），否则需承担培训费用（包括叉车证考试费用），且该约定不违反法律法规强制性规定，那么员工在未满服务期辞职时，工厂可能依据约定要求员工承担部分或全部费用。但工厂不能直接从工资中扣除，而应通过协商或法律途径解决。
• 若无明确约定：工厂无权要求员工承担叉车证考试费用，更无权从工资中扣除。

2. 工资支付与扣除规定

• 根据《工资支付暂行规定》等相关法律法规，工厂不得随意扣除员工工资。除非因员工本人原因给工厂造成经济损失，且工厂可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失，但每月扣除的部分不得超过员工当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
• 叉车证考试费用不属于因员工原因造成的经济损失，因此工厂无权以此为由扣除工资。

3. 工厂行为的合法性分析

• 若工厂未经员工同意直接扣除叉车费：此行为可能违反《劳动合同法》及《工资支付暂行规定》等法律法规，员工有权要求工厂返还被扣除的费用，并可向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
• 若工厂通过协商与员工达成一致：例如，员工同意承担部分费用，且工厂以合理方式（如发放工资时一并支付补偿）处理，则可能不构成违法。但协商过程需自愿、平等，且不得违反法律法规。

4. 建议与后续行动

• 员工角度：首先查看劳动合同及培训协议中是否有相关约定；若无约定或约定违法，可与工厂协商要求返还被扣除的费用；协商无果时，可向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
• 工厂角度：应完善劳动合同及培训协议，明确服务期及费用承担条款；若需扣除费用，应通过合法途径（如协商、仲裁）解决，避免直接扣除工资引发法律纠纷。

总结：工厂扣叉车费是否违法，关键在于劳动合同或培训协议中是否有明确约定，以及扣除行为是否符合法律法规。一般情况下，工厂无权直接扣除叉车证考试费用。若遇到此类问题，建议员工先与工厂协商，协商无果时可寻求法律帮助。如有其他法律问题，也可以直接向我咨询。