判决协议无效通常是由人民法院下达的。以下是对此问题的详细解释：

1. 人民法院的职责：

   • 人民法院是国家的审判机关，负责审理各类民事、刑事和行政案件。在合同纠纷中，如果当事人对合同的效力存在争议，可以向人民法院提起诉讼，请求法院对合同的效力进行认定。
   • 当法院经过审理，认为合同存在无效情形（如违反法律、行政法规的强制性规定，恶意串通损害国家、集体或第三人利益等）时，会依法判决合同无效。

2. 判决协议无效的法律依据：

   • 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，无效的民事法律行为自始没有法律约束力。这意味着，一旦合同被法院判决无效，该合同从订立时起就不具有法律效力，当事人无需履行合同义务，且可能面临返还财产、赔偿损失等法律后果。

3. 其他相关部门的角色：

   • 虽然判决协议无效是人民法院的职责，但其他部门如仲裁机构、行政机关等也可能在特定情况下对合同的效力进行认定。然而，这些认定通常不具有终局性，当事人仍可以向人民法院提起诉讼以确认合同的效力。
   • 例如，在仲裁过程中，仲裁庭可能对合同的效力作出裁决。但如果当事人对仲裁裁决不服，仍可以在法定期限内向人民法院提起诉讼，请求法院对合同的效力进行最终认定。

4. 实际操作中的注意事项：

   • 当事人在认为合同可能无效时，应及时向人民法院提起诉讼，并提交相关证据以支持自己的主张。
   • 法院在审理过程中，会依法对合同的效力进行认定，并作出相应的判决。当事人应尊重法院的判决结果，并按照判决履行相应的义务。

建议：如果您面临合同纠纷，并认为合同可能无效，建议您及时咨询专业律师，了解具体的法律程序和操作要点。同时，准备好相关证据，以便在诉讼过程中维护自己的合法权益。如果您有任何法律问题，都可以直接向我咨询，我会尽我所能为您提供帮助。