结论前置：借款合同执行过程中追溯修改利率，增值税的确定需分情况讨论，主要取决于修改利率的性质、合同条款约定以及税务机关的具体认定。以下是具体分析：

1. 修改利率是否构成“价外费用”

• 若修改利率被认定为“价外费用”：根据《增值税暂行条例》第六条，销售额为纳税人销售货物或应税劳务向购买方收取的全部价款和价外费用。若借款合同中修改利率导致出借方额外收取利息（如逾期罚息、复利等），且该费用与借款行为直接相关，可能被税务机关认定为“价外费用”，需按贷款服务（税率6%）缴纳增值税。
• 例外情形：若修改利率属于合同正常履行中的调整（如双方协商降低利率），且未产生额外收益，可能不被认定为价外费用，无需额外缴税。

2. 合同条款对增值税的约定

• 明确约定税率或计税方式：若借款合同中已明确约定利率调整后的增值税承担方（如由借款人承担）或计税方式（如按固定税率计算），双方应按合同执行。但需注意，合同约定不得违反税法强制性规定（如税率需符合法定标准）。
• 未约定或约定不明：若合同未明确增值税处理方式，需根据税法规定及交易实质判断。例如，若修改利率导致出借方实际收益增加，可能需按增加部分补缴增值税。

3. 税务机关的认定原则

• 实质重于形式：税务机关在认定增值税时，会关注交易的经济实质。若修改利率仅是形式调整（如名义利率变化但实际收益未变），可能不被要求缴税；若实际导致出借方收益增加，则需缴税。
• 历史案例参考：实践中，曾有企业因借款合同中“逾期罚息”被认定为价外费用而补缴增值税的案例。因此，修改利率时需谨慎评估税务风险。

4. 操作建议

• 修改合同前咨询税务机关：为避免争议，建议在修改利率前向当地税务机关咨询，明确税务处理方式。
• 完善合同条款：在借款合同中明确利率调整的触发条件、增值税承担方及计税方式，减少后续纠纷。
• 保留相关证据：如修改利率的协商记录、双方确认文件等，以备税务检查时证明交易实质。

总结：借款合同执行过程中追溯修改利率，增值税的确定需结合修改性质、合同约定及税务认定综合判断。建议企业在操作前充分评估税务风险，并咨询专业律师或税务师以确保合规。如有进一步疑问，可直接向我咨询。