借款合同中约定的到期还本付息，增值税的计算需分情况讨论，核心结论如下：

1. 若借款方为金融机构，增值税计算规则
   根据《营业税改征增值税试点实施办法》（财税〔2016〕36号），金融机构提供贷款服务取得的利息收入，需按6%税率缴纳增值税。计算公式为：
   应纳税额 = 利息收入 ÷（1+6%）×6%
   例如，合同约定到期支付利息100万元，则增值税为100万÷1.06×6%≈5.66万元，金融机构需向借款方开具增值税发票。

2. 若借款方为非金融机构（如企业间借贷），增值税处理规则
   根据财税〔2016〕36号文附件3，企业间无偿借贷可免征增值税，但有偿借贷（收取利息）需按6%税率缴税。若借款方未取得金融许可证，其利息收入可能被认定为“贷款服务”，需依法申报增值税。
   例外情形：若借款方为自然人，个人之间的借贷利息收入暂免增值税（依据财税〔2016〕36号文附件3第一条第十九项）。

3. 增值税与合同条款的关联性
   合同中“到期还本付息”的约定本身不直接影响增值税计算，但需明确：

   • 利息金额是否含税：若合同未明确，默认按不含税利息计算增值税；
     
   • 发票开具义务：借款方（支付利息方）有权要求贷款方（收取利息方）开具增值税发票，否则可能无法抵扣进项税（如借款方为一般纳税人）。

实务建议：

• 签订借款合同时，建议明确利息是否含税、发票开具时间及税率；
  
• 若涉及跨省借贷，需关注地方税务机关对“贷款服务”的认定差异；
  
• 自然人作为贷款方时，可利用免税政策降低税负，但需保留资金往来凭证以备税务核查。
  

如有具体合同条款或交易结构需要分析，可直接向我提供细节，我将进一步结合税法规定给出操作建议。