结论：借款合同约定的利率不合法时，双方是可以协商修改的，但修改需遵循一定的法律原则和程序。

详细分析：

1. 协商修改的法律依据：

   • 根据《民法典》的相关规定，合同当事人可以通过协商一致变更合同内容，这当然包括借款合同中的利率条款。因此，当发现借款合同约定的利率不合法时，双方有权通过协商来修改这一条款。

2. 协商修改的具体操作：

   • 沟通协商：首先，借款人和出借人应就利率修改问题进行充分沟通，表达各自的意愿和诉求。
   • 达成共识：在沟通的基础上，双方应努力达成共识，确定新的合法利率。
   • 签订补充协议：为了确保修改后的利率具有法律效力，双方应签订书面补充协议，明确修改后的利率条款。

3. 协商修改时需注意的法律原则：

   • 合法性原则：修改后的利率必须符合国家法律法规的规定，不得违反法律强制性规定或公序良俗。
   • 公平性原则：修改后的利率应体现公平合理，不得损害任何一方的合法权益。
   • 诚实信用原则：双方在协商修改过程中应秉持诚实信用原则，不得有欺诈、胁迫等行为。

4. 无法协商修改时的法律救济：

   • 如果双方无法就利率修改达成一致，或者出借人拒绝修改不合法利率，借款人可以依法向人民法院提起诉讼或申请仲裁，请求变更或撤销原合同中的利率条款。
   • 在诉讼或仲裁过程中，借款人需要提供充分的证据证明原合同利率不合法，以及修改利率的合理性和必要性。

5. 实际操作建议：

   • 仔细审查合同：在签订借款合同前，务必仔细审查合同条款，特别是利率条款，确保其合法合规。
   • 及时沟通协商：一旦发现合同利率不合法，应立即与出借人沟通协商，寻求修改方案。
   • 保留证据：在协商修改过程中，注意保留相关证据，如沟通记录、补充协议等，以备不时之需。

总结与建议： 借款合同约定的利率不合法时，双方有权通过协商来修改这一条款。在协商修改过程中，应遵循合法性、公平性和诚实信用原则，确保修改后的利率合法合规且公平合理。如果无法协商修改，借款人可以依法寻求法律救济。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。