协议中有不公平条款但未发生纠纷时，协议本身并不当然无效，其效力需分情况判断。以下从不同角度为您详细分析：

1. 若不公平条款构成“显失公平”，则受损方有权请求撤销

• 法律依据：根据《民法典》第151条，一方利用对方处于危困状态、缺乏判断能力等情形，致使民事法律行为成立时显失公平的，受损害方有权请求人民法院或仲裁机构撤销。
• 法律后果：
  • 撤销前：协议有效，双方需按约定履行。
  • 撤销后：协议自始无效，双方需恢复至合同订立前的状态（如返还财产、赔偿损失等）。
• 举例说明：若一方因急需资金，被迫以明显低于市场价的价格签订转让协议，且对方明知其困境，此类条款可能被认定为显失公平，受损方可请求撤销。

2. 若不公平条款未达“显失公平”程度，且无其他无效情形，则条款有效

• 法律依据：根据《民法典》第143条，民事法律行为有效的条件包括：行为人具有相应民事行为能力、意思表示真实、不违反法律或公序良俗。若条款仅是不合理，但未达到显失公平程度，且不存在违法、违背公序良俗、恶意串通等情形，则条款有效。
• 法律后果：双方需按协议约定履行义务，法院或仲裁机构不会因条款不合理而直接认定其无效。
• 举例说明：若双方签订的合作协议中，某条款对一方略为不利（如利润分配比例稍低），但未利用对方困境或缺乏判断能力，且无其他无效情形，则该条款仍有效。

3. 法官如何认定协议效力？

• 审查重点：
  1. 是否存在显失公平情形：法官会结合双方交易时的背景、地位、条款内容等，判断是否一方利用对方困境或缺乏判断能力，导致权利义务明显失衡。
  2. 是否存在其他无效情形：如条款是否违反法律强制性规定、违背公序良俗、恶意串通损害他人利益等。
• 举证责任：主张条款显失公平的一方需承担举证责任，证明对方存在利用行为，且条款导致权利义务明显失衡。
• 时间限制：若受损方欲撤销协议，需在知道或应当知道撤销事由之日起1年内行使撤销权，否则撤销权消灭，协议继续有效。

4. 实务建议

• 若您是受损方：
  1. 及时收集证据（如交易背景、对方利用行为的证据、条款不合理性的证明等）。
  2. 在1年内向法院或仲裁机构提起撤销之诉，避免撤销权消灭。
• 若您是相对方：
  1. 审查条款是否可能被认定为显失公平，避免利用对方困境或缺乏判断能力。
  2. 若对方主张撤销，积极应诉，提供证据证明条款合理性或对方未处于危困状态。

总结：协议中有不公平条款但未发生纠纷时，其效力取决于条款是否构成显失公平或存在其他无效情形。法官会结合交易背景、条款内容及双方举证情况综合判断。若您遇到此类问题，可直接向我咨询，我会结合具体案情为您提供专业法律意见。