结论：付款方在公对公转账时备注了“退款”，收款方一般不可以无视该备注并将其当成双方的合同回款。这一行为可能涉及法律风险和合同纠纷，需要从多个角度进行详细分析。

一、合同条款与转账备注的关联性

1. 合同约定：首先，需要查看双方签订的合同中是否对付款方式、付款条件以及退款条款有明确约定。如果合同中明确规定了付款时应备注的具体内容（如合同编号、项目名称等），而付款方却备注了“退款”，这可能与合同约定不符。

2. 备注的法律效力：转账备注虽然不是合同的正文部分，但在一定程度上可以反映付款方的意图。如果备注内容与合同实际履行情况不符，可能会引发对合同履行状态的争议。

二、收款方的法律义务与风险

1. 核实款项性质：收款方在收到款项时，有义务核实款项的性质和用途。如果付款方明确备注了“退款”，而收款方却将其视为合同回款，这可能构成对款项性质的误解或忽视。

2. 法律风险：

   • 不当得利：如果收款方将本应退还的款项视为合同回款并使用，可能构成不当得利，需要承担返还责任。
   • 合同纠纷：此行为可能引发与付款方的合同纠纷，导致双方关系紧张，甚至需要通过法律途径解决。
   • 信誉损失：长期忽视此类问题可能损害收款方的商业信誉，影响其未来的业务合作。

三、建议与应对措施

1. 与付款方沟通：收款方在收到备注为“退款”的款项后，应立即与付款方进行沟通，核实款项的真实性质和用途。

2. 调整账务处理：如果确认款项确实为退款，收款方应及时调整账务处理，将款项退还至付款方指定账户。

3. 完善合同条款：为避免未来类似纠纷的发生，双方应在合同中明确约定付款方式、付款条件以及退款条款等关键内容。

4. 保留证据：在处理此类纠纷时，双方应保留好相关证据（如转账记录、合同文本、沟通记录等），以便在需要时提供证明。

四、特殊情况下的处理

如果双方存在特殊约定或历史交易习惯，使得备注“退款”的款项实际上应视为合同回款的一部分，那么在这种情况下，收款方可能无需将款项退还。但这种情况非常罕见，且需要双方有明确的约定或证据支持。

总结：付款方在公对公转账时备注了“退款”，收款方一般不可以无视该备注并将其当成双方的合同回款。收款方应核实款项性质，与付款方沟通并调整账务处理，以避免法律风险和合同纠纷。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。