结论：借款公司还款时备注写成“退款”存在法律风险和实务操作问题，不建议这样做，具体分析如下：

1. 法律性质认定风险

• 还款与退款的本质区别：还款是履行借款合同约定的义务，指向的是借款本金及利息的偿还；退款通常指因合同解除、撤销或错误支付等原因，将已收款项返还给支付方。若将还款备注为“退款”，可能被误解为双方协商解除借款合同或存在错误支付情形，进而引发对借款关系真实性的争议。
• 举证责任影响：在诉讼中，备注内容可能成为关键证据。若备注为“退款”，对方可能主张借款合同已通过退款方式终止，要求借款人返还已收款项或否认借款事实，增加己方举证难度。

2. 实务操作风险

• 财务记录混乱：公司财务需准确记录资金流向，还款与退款在会计科目、税务处理上存在差异。错误备注可能导致财务数据失真，影响税务申报、审计或内部管理。
• 对方拒认风险：若收款方（如出借人）对备注内容提出异议，可能拒绝确认还款事实，要求借款人重新支付或通过法律途径解决，增加时间成本和经济损失。

3. 合规建议

• 明确备注内容：还款时应备注“偿还借款本金及利息”或“归还XX合同项下款项”，并附上合同编号、日期等信息，确保与借款合同一致。
• 保留完整证据：除备注外，应通过书面协议、还款计划表、收款确认书等形式固定还款事实，避免口头约定。
• 及时沟通确认：若已错误备注，应立即与对方联系，通过补充协议、情况说明等方式澄清事实，并留存沟通记录。

总结：还款备注需严格对应合同性质，避免使用可能引发歧义的表述。若已发生错误，应及时采取补救措施，降低法律风险。如有具体案件或合同条款需要分析，可直接向我提问。