行政诉讼中，被告只有股长出庭，程序是否合法需分情况讨论。

1. 关于行政机关负责人出庭的规定

根据《中华人民共和国行政诉讼法》及相关司法解释，被诉行政机关负责人应当出庭应诉。这里的“行政机关负责人”通常指的是行政机关的正职和副职负责人。若股长并非行政机关的正职或副职负责人，那么其单独出庭可能并不完全符合法律对于“行政机关负责人出庭”的要求。然而，法律并未明确规定除行政机关负责人外，其他工作人员不得出庭，只是强调了行政机关负责人出庭的重要性。

1. 股长出庭的合法性分析

   • 若股长作为委托代理人出庭：在行政诉讼中，被告可以委托一至二人作为诉讼代理人。如果股长是作为被告的委托代理人出庭，并且其委托手续合法，那么其出庭是合法的。但这种情况下，股长的出庭并不等同于行政机关负责人的出庭。
   • 若股长单独出庭且未获明确授权：如果股长并非作为委托代理人出庭，而是单独以被告身份出庭，且没有明确的法律或行政法规授权其可以代表行政机关出庭应诉，那么这种出庭方式可能存在程序上的不合法性。因为行政诉讼的被告通常是行政机关，而非其内部的具体工作人员。

2. 程序合法性的综合判断

判断行政诉讼中被告只有股长出庭是否合法，需要综合考虑多个因素，包括股长的出庭身份（是作为委托代理人还是单独以被告身份）、是否获得了合法的授权、以及行政机关是否有其他更合适的负责人可以出庭等。如果股长是作为合法的委托代理人出庭，并且其出庭行为符合法律程序和规定，那么这种出庭方式是合法的。但如果股长单独出庭且未获明确授权，或者行政机关有更合适的负责人可以出庭而未出庭，那么这种出庭方式可能存在程序上的问题。

1. 建议与后果

   • 对于行政机关：建议行政机关在接到行政诉讼通知后，尽量安排行政机关负责人出庭应诉，以体现对诉讼的重视和对法律的尊重。如果确实无法安排负责人出庭，也应确保委托代理人具备合法的授权和出庭资格。
   • 对于原告：如果发现被告只有股长出庭且存在程序上的不合法性，可以在诉讼过程中提出异议，并要求法院对此进行审查。如果法院认定被告出庭程序不合法，可能会对案件的审理和判决产生影响。

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