员工车祸未进行工伤认定，但以工伤为由提出离职，公司应依法处理，员工也有权通过其他途径主张权益。针对此情况，具体分析如下：

一. 员工提出离职的处理

1. 接受离职申请：公司可以依据员工的离职申请，按照公司规定和劳动合同法的相关条款，与员工办理离职手续。
2. 离职原因不影响离职程序：虽然员工以工伤为由提出离职，但离职的具体原因并不影响离职程序的进行。公司应确保离职过程的合法性和公正性。

二. 员工权益的保障

1. 1年内可申请工伤认定：根据相关规定，员工在车祸后1年内仍可以申请工伤认定。若认定为工伤，员工可依法享受工伤待遇，包括医疗费、停工留薪期工资、伤残津贴等。我建议员工尽快收集劳动关系证明、事故相关证据等材料，向当地社会保险行政部门提出工伤认定申请。
2. 单位未缴纳工伤保险的责任：若单位未为员工缴纳工伤保险，一旦员工被认定为工伤，相关费用应由单位承担。这包括医疗费、停工留薪期的工资、伤残津贴等，确保员工的合法权益得到保障。
3. 超过1年的处理：若员工超过1年未申请工伤认定，一般难以再通过工伤途径索赔。但员工仍可通过民事诉讼，以人身损害赔偿为由，要求单位赔偿因工伤导致的损失，如医疗费、护理费、残疾赔偿金等。这需要员工提供充分的证据来证明损害事实和单位的过错。

综上所述，虽然员工以工伤为由提出离职，但公司应依法处理离职手续，同时员工也有权在1年内申请工伤认定，以保障自己的合法权益。若员工需要进一步的法律帮助，可以继续咨询我。