农村水田收取水利费是否合法，需结合具体情况判断，不能一概而论。以下从不同角度为您详细分析：
合法性的判断依据
政策与法律依据：
- 根据《中华人民共和国水法》及《取水许可和水资源费征收管理条例》等法律法规，地方政府有权结合本地区实际情况制定具体的水资源费征收办法。若当地政府已根据相关法律法规制定了水利费（水资源费）征收政策，并经过了法定程序的批准、公示等，则此类收费行为具有合法依据。
特定情形的合法性：
- 对于直接从江河、湖泊或地下取用水资源的单位和个人（除家庭生活和零星散养、圈养畜禽饮用等少量取水外），需按照国家取水许可制度和水资源有偿使用制度的规定申请取水许可证，并缴纳水资源费。农村水田灌溉通常不属于“少量取水”的豁免情形，因此若已办理取水许可证，水利部门收取水利费是合法的。
- 农村地区的集中供水工程，若供水单位为保障供水设施建设、运行维护、水质检测等需要资金支持，并在物价部门核准收费标准后向用水户收取包含水利费在内的水费，此行为亦属合法合规。
程序合规性：
- 即使存在合法的收费政策，收费过程中也必须遵循规定的程序，如进行收费公示、使用合法票据等。若收费单位未按规定程序操作，如未出示收费标准文件或开具非正规票据，村民有权拒绝缴纳。
不合法的情况
- 无收费依据：若当地未出台相关收费政策或文件，或收费主体未获得合法授权擅自收费，此行为不合法。
- 程序违规：即使存在收费政策，但未按程序执行（如未公示、未使用合法票据）也视为不合法收费。
法律建议与指导
核查收费依据：
- 村民可要求收费单位出示相关的收费政策文件或授权依据，以确认收费的合法性。
了解取水许可情况：
- 若村民的水田灌溉涉及从江河、湖泊或地下取水，应确认是否已办理取水许可证。未办理取水许可证而擅自取水的，可能面临行政处罚，且水利部门收取水利费的前提不成立。
关注程序合规性：
- 村民在缴纳水利费时，应要求收费单位提供合法票据，并确认收费过程是否进行了公示。
咨询与维权：
- 若对水利费的收取存在疑问或认为收费不合法，村民可咨询当地的水利部门或法律专业人士（比如我）以获取准确解答和维权建议。
举例说明：
- 假设某农村地区政府已出台水利费征收政策，并明确了收费标准、程序等。村民张某的水田灌溉涉及从地下取水，且已办理取水许可证。在此情况下，水利部门按照政策向张某收取水利费是合法的。
- 反之，若某地区未出台水利费征收政策，或收费单位未获得合法授权擅自收费，且未提供合法票据或进行公示，则此类收费行为不合法，村民有权拒绝缴纳并寻求法律救济。
综上所述，农村水田收取水利费的合法性需综合考虑多方面因素。在判断时，应重点关注当地是否有合法的收费依据、是否遵循了规定的程序以及是否符合国家相关法律法规的要求。若您对此仍有疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。