结论是：迟到被扣几千块是否违法，需根据具体情况判断，不能一概而论。
一、合法扣款的情况
公司规章制度合法且明确：
- 如果公司的规章制度中明确规定了迟到扣款的条款，并且这些规章制度是经过民主程序制定、公示或告知劳动者的，同时扣款金额合理，不违反法律法规的强制性规定，那么这种扣款可能是合法的。
- 合理性判断：扣款金额应当与迟到的时间、频率以及给公司造成的损失相匹配。例如，迟到几分钟扣几十元可能较为合理，但一次性扣几千元则可能显得过于苛刻，除非能证明迟到给公司造成了相应数额的损失。
劳动合同中有约定：
- 如果劳动合同中明确约定了迟到扣款的条款，并且该条款不违反法律法规的强制性规定，那么这种扣款也可能是合法的。
- 注意点：劳动合同中的约定同样需要遵循公平、合理的原则，不能过分加重劳动者的负担。
二、违法扣款的情况
扣款金额过高：
- 如果公司扣款的金额过高，明显超出了迟到可能给公司造成的损失，或者与劳动者的工资收入不成比例，那么这种扣款可能是违法的。
- 法律依据：根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
规章制度或劳动合同未约定：
- 如果公司的规章制度或劳动合同中没有明确规定迟到扣款的条款，那么公司擅自扣款可能是违法的。
- 维权途径：劳动者可以要求公司返还被扣的款项，并可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
扣款程序不合法：
- 即使公司有合法的扣款规定，但如果扣款程序不合法（如未事先告知劳动者、未经过劳动者同意等），也可能构成违法扣款。
三、建议与措施
核实公司规章制度和劳动合同：
- 劳动者应首先核实公司的规章制度和劳动合同中是否有关于迟到扣款的约定，以及这些约定是否合法、合理。
与公司协商：
- 如果认为扣款不合理或违法，劳动者可以尝试与公司进行协商，要求公司返还被扣的款项或调整扣款金额。
寻求法律援助：
- 如果协商无果，劳动者可以向当地的劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
举例说明：假设某劳动者的月工资为5000元，因迟到一次被公司扣款2000元。这种情况下，扣款金额明显过高，超出了合理范围，也违反了《工资支付暂行规定》中关于每月扣除部分不得超过劳动者当月工资20%的规定。因此，这种扣款是违法的。
总结：迟到被扣几千块是否违法，需根据公司的规章制度、劳动合同以及扣款金额的合理性等因素进行综合判断。如果认为扣款不合理或违法，劳动者应积极采取措施维护自己的合法权益。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。