迟到被扣工资是否违法，不能一概而论，需要结合具体情况来判断。以下是从不同角度进行的分析：

一、规章制度合法且合理的情况

1. 规章制度制定程序合法：

   • 根据《劳动合同法》的规定，用人单位在制定涉及劳动者切身利益的规章制度（如劳动报酬、工作时间等）时，必须经过职工代表大会或全体职工的讨论，并与工会或职工代表平等协商确定。
   • 这些规章制度还必须向劳动者进行公示或告知。如果用人单位的规章制度未经上述民主程序制定，或者未向劳动者公示，那么基于这样的规章制度扣减员工工资将是违法的。

2. 扣工资数额合理：

   • 即便用人单位有了合法的规章制度，扣减工资的行为也必须在合理的范围内进行。根据《工资支付暂行规定》，因劳动者个人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可以要求其赔偿，但扣除的工资部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地月最低工资标准。
   • 对于仅仅是迟到而未给单位造成实际经济损失的情况，如果扣除了较大比例的工资（如当天甚至几天的工资），这显然是不合理的，也属于违法行为。

3. 示例说明：

   • 假设某公司规章制度规定，员工迟到一次扣款50元，且该制度经过民主程序制定并公示。如果员工当月工资为5000元，迟到一次扣款50元，显然未超过当月工资的20%，且扣除后剩余工资远高于当地最低工资标准，那么这种扣款行为是合法的。

二、规章制度不合法或不合理的情况

1. 规章制度未公示或未告知：

   • 如果用人单位的规章制度未向劳动者公示或告知，那么员工有权拒绝遵守该制度中的迟到扣款规定。此时，用人单位因员工迟到而扣款的行为将构成违法。

2. 扣工资数额过高：

   • 如前所述，如果扣款导致员工当月工资低于当地最低工资标准，或者扣款比例过高（如超过当月工资的20%），那么这种扣款行为也是违法的。

3. 示例说明：

   • 假设某公司规章制度规定，员工迟到一次扣款500元，且该制度未向员工公示。如果员工当月工资为3000元，迟到一次扣款500元后，剩余工资仅为2500元，可能低于当地最低工资标准（具体取决于当地标准），且扣款比例高达当月工资的近17%（但若按此比例继续扣款则很快会超过20%的限制），更重要的是制度未公示，那么这种扣款行为就是违法的。

三、特殊情况下的处理

1. 不可抗力因素：

   • 如因自然灾害、交通事故等不可抗力因素导致迟到，员工应及时向用人单位说明情况并提供相关证明，用人单位不应扣除工资。

2. 合理的宽限期：

   • 一些用人单位会给予员工一定的宽限期（如几分钟到半小时），在此时间内迟到不视为违纪，也不扣除工资。这是用人单位对员工的一种合理关怀，也是符合劳动法精神的。

四、建议与总结

1. 了解公司规章制度：

   • 员工在入职前应仔细阅读公司的规章制度，特别是关于考勤管理和工资扣减的部分，确保自己了解并同意这些规定。

2. 保留证据：

   • 如认为扣款不合理或违法，员工应保留好相关证据（如考勤记录、工资条、规章制度等），以便在需要时维护自己的合法权益。

3. 沟通协商：

   • 在发生争议时，员工可与用人单位进行协商沟通，寻求双方都能接受的解决方案。如果协商无果，可以考虑通过法律途径解决。

总之，迟到被扣工资是否违法取决于用人单位的规章制度是否合法、合规以及扣减工资的行为是否合理。如果你对此有疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。