结论：公司因耗材领用超标罚款1000元是否合法需分情况判断，核心依据是公司罚款的依据是否合法、程序是否合规、金额是否合理。以下从法律角度展开分析：

1. 公司罚款的法律依据需合法

根据《劳动合同法》及《工资支付暂行规定》，用人单位仅在两种情况下可扣除劳动者工资：

• 法定扣除：如代扣代缴个人所得税、社保费、法院判决的抚养费等；
  
• 约定扣除：需基于双方书面约定（如劳动合同、规章制度），且扣除内容不得违反法律强制性规定。
  

若公司无明确规章制度规定“耗材领用超标可罚款”，或规章制度未经民主程序（如职工代表大会讨论）制定并公示，则罚款行为缺乏法律依据，属于违法。

2. 罚款程序需合规

即使公司有合法规章制度，罚款程序也需符合以下要求：

• 事前告知：员工需知晓耗材领用标准及超标后果；
  
• 证据充分：公司需提供员工超标的具体证据（如领用记录、库存对比等）；
  
• 金额合理：罚款金额不得超过员工当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地最低工资标准。
  

若公司未履行上述程序，或罚款金额超过法定比例，则罚款行为违法。

3. 罚款金额需合理

根据《工资支付暂行规定》第16条，因员工过错造成公司损失的，公司可要求赔偿，但每月扣除部分不得超过员工当月工资的20%。
假设员工月工资为5000元，则每月最多可扣除1000元；若月工资低于5000元，则罚款1000元可能超过法定比例，属于违法。

4. 替代方案：公司可主张赔偿而非罚款

若耗材领用超标确系员工过错导致公司损失，公司可通过以下合法途径主张权利：

• 要求赔偿：根据实际损失金额（需举证）要求员工赔偿，但需通过劳动仲裁或诉讼程序；
  
• 绩效扣分：在规章制度中约定耗材管理纳入绩效考核，通过扣减绩效工资间接约束。

行动建议

1. 核查公司规章制度：要求公司出示相关制度及民主程序证明；
   
2. 核对工资条：确认罚款后工资是否低于最低工资标准；
   
3. 协商或投诉：若认为罚款违法，可与公司协商或向当地劳动监察大队投诉；
   
4. 保留证据：保存领用记录、工资条、规章制度等材料，以备维权。
   

如有进一步疑问，可直接向我咨询，我会结合具体情况为您详细分析。