结论：在合伙人侵占合伙财产后被发现签了还款协议但到期未还款的情况下，可以视情况以侵占罪追究其刑事责任，同时也可以通过民事诉讼要求其返还财物、赔偿损失。以下从刑事和民事两个角度进行详细分析：
刑事角度：侵占罪的认定与追究
侵占罪的构成要件：
- 非法占有目的：合伙人需有将合伙财产非法占为己有的故意。
- 实施占为己有行为：合伙人实际实施了将合伙财产占为己有的行为，如擅自挪用、隐匿、转移等。
- 数额较大：侵占的财产数额需达到法律规定的“较大”标准，具体数额可能因地区而异，需参照当地司法解释。
- 拒不交还：在合伙人或其他合伙人要求返还时，拒不交还侵占的财产。
还款协议的影响：
- 还款协议的存在并不必然排除侵占罪的成立。如果合伙人签订还款协议后，到期未还款，且存在非法占有目的和拒不交还的行为，仍可能构成侵占罪。
- 还款协议可作为证明合伙人存在侵占行为及后续拒不履行还款义务的证据之一。
刑事自诉的途径：
- 如果满足侵占罪的构成要件，其他合伙人或合伙企业可以通过刑事自诉的方式，向法院提起诉讼，追究侵占合伙人的刑事责任。
民事角度：返还财物与赔偿损失
民事诉讼的依据：
- 依据合伙协议及相关法律规定，合伙人有义务保管和合理使用合伙财产，不得擅自侵占或挪用。
- 侵占合伙人违反合伙协议，损害其他合伙人或合伙企业的利益，应承担返还财物、赔偿损失等民事责任。
民事诉讼的请求：
- 返还财物：要求侵占合伙人返还其非法占有的合伙财产。
- 赔偿损失：要求侵占合伙人赔偿因其侵占行为给其他合伙人或合伙企业造成的损失，包括直接损失和间接损失。
民事诉讼的执行：
- 如果法院判决侵占合伙人返还财物、赔偿损失，但侵占合伙人拒不履行判决，其他合伙人或合伙企业可以申请法院强制执行。
实际操作建议
- 收集证据：在提起刑事自诉或民事诉讼前，应充分收集证据，包括合伙协议、还款协议、财务记录、证人证言等，以证明侵占合伙人的违法行为。
- 咨询专业律师：由于刑事自诉和民事诉讼都涉及复杂的法律程序和证据规则，建议咨询专业律师，以获取更具体的法律建议和操作指导。
- 综合考虑：在决定是否以侵占罪追究刑事责任或提起民事诉讼时，应综合考虑案件的具体情况、证据的充分性、诉讼成本及效果等因素。
总结：在合伙人侵占合伙财产后被发现签了还款协议但到期未还款的情况下，你可以根据案件的具体情况，选择以侵占罪追究其刑事责任，或通过民事诉讼要求其返还财物、赔偿损失。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。