您好，针对您提出的“城镇户口持有宅基地使用证，在不知情的情况下被他人翻建是否合法”的问题，我将从法律角度和实际操作层面为您详细解答。
首先，从法律层面来看，翻建宅基地上的房屋需要满足一系列条件，这些条件包括但不限于：
符合乡镇总体规划：如果宅基地所在的区域规划已经发生变化，比如原有房屋已经荒废或坍塌，且土地规划不再允许新建或翻建，那么在此情况下翻建房屋就是不合法的。
经过合法审批：翻建房屋必须获得相关部门的审批手续。没有审批手续或手续不全的翻建行为，很可能被认定为违建。
原有房屋性质：如果原有宅基地上的房屋本身就是违建，那么无论是翻修还是翻建，都将被视为违建。
建新不拆旧和一户多宅：在存在建新不拆旧或一户多宅的情况下，旧的宅基地和多余的宅基地是不允许翻建的。
不得擅自扩建：在原有宅基地上擅自扩建房屋也是不被允许的。
接下来，针对您的情况，如果您的宅基地在您不知情的情况下被他人翻建，这显然是不合法的。因为翻建行为必须获得宅基地使用权人的同意，并且需要经过相关部门的审批。未经您同意且未获得审批的翻建行为，侵犯了您的宅基地使用权，您有权要求停止侵权行为，并恢复原状或要求赔偿。
此外，我还想提醒您的是，即使您是城镇户口，但持有宅基地使用证，您仍然对宅基地上的房屋享有相应的权益。如果他人未经您同意翻建了房屋，您可以通过法律途径维护自己的权益，比如向当地土地管理部门投诉，或者通过诉讼方式要求侵权人承担相应的法律责任。
最后，我建议您尽快与当地土地管理部门或法律专业人士联系，了解具体的维权步骤和所需材料，以便及时、有效地维护自己的合法权益。希望我的解答能够对您有所帮助。