针对您提出的“农村宅基地证变更申请人不知情是否合法”的问题，这确实是一个涉及法律权益和程序正当性的重要问题。以下是我为您提供的详细解答：
一、宅基地证变更的基本原则
宅基地证的变更，无论是由于土地性质调整、权属转移还是其他原因，都应当遵循合法、公正、公开的原则。这意味着，任何变更都应当有明确的法律依据，且变更过程应当公开透明，确保相关权利人的知情权。
二、申请人不知情的情况分析
如果变更未经申请人同意或不知情：
- 这很可能违反了法律程序。宅基地作为农民的重要财产，其变更应当得到权利人的明确同意。如果变更是在申请人不知情的情况下进行的，那么这种变更可能缺乏合法性基础。
- 申请人有权对这种不知情的变更提出异议，并要求相关部门进行核实和纠正。
如果变更有合法依据但申请人不知情：
- 尽管变更可能有其法律依据，但相关部门在变更过程中未履行告知义务，仍然可能构成程序瑕疵。在这种情况下，申请人虽然不能直接否定变更的合法性，但可以要求相关部门补充告知程序，并可能因此获得一定的补偿或救济。
三、申请人应采取的措施
核实变更情况：
- 申请人应首先向当地自然资源、农业农村等相关部门申请查阅涉及宅基地变更的具体文件、规划图等资料，以了解变更的具体依据和过程。
收集证据：
- 申请人应搜集能证明自己对变更不知情的证据，如未收到通知或公示的材料，以及宅基地原有的合法性证据，如宅基地使用证、建房审批手续等。
与相关部门沟通：
- 申请人可以携带所收集的证据，及时向所在村委会反映情况，并请求村委会协助核实并向相关部门提出更正申请。如果村委会未能解决问题，申请人还可以向乡镇政府或街道办事处提出书面申请。
利用法律手段维权：
- 如果沟通无果，申请人可以在规定期限内向上一级政府或相关行政主管部门申请行政复议，或者向人民法院提起行政诉讼，以维护自己的合法权益。
四、总结与建议
农村宅基地证变更申请人不知情的情况，很可能违反了法律程序和原则。申请人应当积极核实变更情况，收集证据，并与相关部门进行沟通。如果沟通无果，应果断利用法律手段维护自己的权益。同时，我也建议申请人在整个过程中保持冷静理性，充分了解相关法律法规和政策规定，以确保行动的合法性和有效性。