结论：员工在任职期间，若发现工资中扣除了单位应承担的社保医疗费，此争议属于劳动争议范畴，劳动仲裁机构一般会受理。以下从不同角度进行详细分析：

1. 从法律关系角度：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国社会保险法》的相关规定，用人单位有义务为员工缴纳社会保险费，包括养老保险、医疗保险、失业保险、工伤保险和生育保险。这部分费用应由用人单位承担，不应转嫁给员工。
   • 如果用人单位错误地将本应由其承担的社会保险费用从员工工资中扣除，这实际上构成了对员工财产权的侵犯，员工有权通过法律途径维护自己的合法权益。

2. 从劳动争议处理角度：

   • 劳动争议是指劳动关系双方当事人之间因实现劳动权利和履行劳动义务而发生的纠纷。本案中，员工与用人单位之间就社会保险费用的承担问题产生的争议，显然属于劳动争议的范畴。
   • 根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》的规定，劳动争议仲裁委员会负责受理和处理劳动争议案件。因此，员工可以向当地的劳动争议仲裁委员会提出仲裁申请，要求用人单位返还错误扣除的社会保险费用，并可能要求用人单位承担因此产生的其他损失。

3. 从实际操作角度：

   • 员工在提出仲裁申请时，应准备充分的证据材料，如工资条、社保缴纳记录、劳动合同等，以证明用人单位确实存在错误扣除社会保险费用的事实。
   • 劳动争议仲裁委员会在受理案件后，会依法进行调解或裁决。如果调解不成或员工对裁决结果不服，还可以依法向人民法院提起诉讼。

建议：如果您作为员工遇到了此类问题，建议首先与用人单位进行沟通协商，尝试通过内部途径解决争议。如果协商无果，可以及时向当地的劳动争议仲裁委员会提出仲裁申请，以维护自己的合法权益。在处理过程中，如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。