结论前置：若公司在停岗调查期间不批准您的辞职申请，您可通过以下方式处理：

1. 核查劳动合同及公司制度
   首先需确认劳动合同中是否约定了辞职需经公司批准的条款。根据《劳动合同法》第三十七条，劳动者提前三十日以书面形式通知用人单位，即可解除劳动合同（试用期提前三日）。公司无权以“停岗调查”为由拒绝办理离职手续，除非您存在未履行工作职责、泄露商业秘密等法定或合同约定的违约情形。
   若公司制度中规定“停岗期间不得辞职”，需审查该制度是否经民主程序制定（如职工代表大会讨论）并公示，否则可能因程序违法而无效。

2. 书面催告并保留证据
   若公司拒绝，建议您通过EMS向公司发送《解除劳动合同通知书》，明确写明“依据《劳动合同法》第三十七条，本人于XX年XX月XX日提出解除劳动合同，请于三十日内办理离职手续”。保留寄送凭证（如签收记录），作为已履行通知义务的证据。
   若公司仍不办理，可向当地劳动监察大队投诉（12333热线），或申请劳动仲裁，要求确认劳动关系已解除并办理离职手续。

3. 注意停岗调查的合法性
   若公司以“停岗调查”为由限制您离职，需核查停岗是否合法：

   • 合法情形：如您涉嫌严重违纪（如贪污、泄露机密），公司可暂停工作并调查，但需支付停岗期间工资（不低于当地最低工资标准）。
     
   • 违法情形：若公司无合理依据停岗（如仅因您提出辞职），可能构成变相逼迫离职，您可主张公司支付违法停岗期间的工资差额，并要求立即办理离职。

4. 离职后的权益保障
   即使公司不批准，您在三十日后仍可离职，但需注意：

   • 办理工作交接，保留交接清单；
     
   • 要求公司出具离职证明（依据《劳动合同法》第五十条）；
     
   • 若公司扣押档案或证件，可向劳动监察部门投诉。

行动建议：

• 立即书面通知公司解除劳动合同，避免口头沟通；
  
• 收集劳动合同、停岗通知、工资条等证据；
  
• 若公司拒不配合，优先通过劳动监察或仲裁解决，效率较高。
  

如有进一步细节（如停岗原因、合同条款等），可随时补充，我将为您具体分析。