当法院在审理民事案件时发现案件涉及侵占自诉案件，即侵占罪的情况时，会遵循一系列特定的处理流程和原则。以下是对此问题的详细解答：
一、处理原则
在民事案件审理中发现侵占罪，通常遵循“先刑后民”的原则。这意味着，刑事司法程序会优先进行，以确保法律的严肃性和公正性。民事案件可能会因此暂时中止，待刑事程序终结后，再根据刑事判决的结果来确定民事案件的处理。
二、具体处理流程
审查与告知：
- 法院在审理民事案件过程中，若发现存在侵占罪的嫌疑，会首先审查该行为是否构成告诉才处理的犯罪（即侵占罪）。
- 若法院认为有犯罪事实且符合刑事自诉条件，会告知被害人另案提起刑事自诉，因为民事诉讼不直接处理刑事犯罪。
中止民事诉讼：
- 若民事诉讼的审理需以刑事诉讼的结果为依据，法院会裁定中止民事诉讼，待刑事程序结束后恢复审理。
刑事自诉的启动：
- 被害人或其法定代理人、近亲属需要准备充分的证据，如财物的所有权证明、对方占有财物的相关凭证等，以证明犯罪嫌疑人存在将代为保管的他人财物、遗忘物或埋藏物非法占为己有且数额较大、拒不退还或交出的行为。
- 撰写刑事自诉状，详细写明自诉人和被告人的基本信息、具体的诉讼请求、事实与理由等内容。
- 向有管辖权的人民法院提交自诉状和相关证据材料。法院会对提交的材料进行审查，若符合立案条件，将受理案件并启动刑事审判程序。
三、管辖与证据收集
- 管辖：侵占罪属于刑事自诉案件，根据《刑事诉讼法》规定，刑事案件由犯罪地的人民法院管辖；如果由被告人居住地的人民法院审判更为适宜的，可以由被告人居住地的人民法院管辖。犯罪地包括犯罪行为发生地和犯罪结果发生地。
- 证据收集：在民事诉讼中发现侵占罪嫌疑时，证据的收集和固定变得极为关键。被害人应积极收集能证明对方侵占行为的证据，为刑事自诉做好准备。
四、后续处理
- 若刑事判决认定构成侵占罪，那么在民事案件中，侵占方应承担相应的刑事和民事责任，包括返还侵占的财物、赔偿损失等。
- 若刑事判决未认定构成侵占罪，或者仅对部分事实作出认定，那么民事案件可继续进行审理，根据已查明的事实和法律规定作出裁判。
五、建议与注意事项
- 法院方面：应严格审查案件，准确判断是否符合刑事自诉条件，并及时告知被害人权利。
- 被害人方面：应积极收集证据，为刑事自诉做好准备，以有效维护自身合法权益。同时，在提起刑事自诉时，应确保自诉状的内容准确、完整，并附上相关证据材料。
综上所述，当法院在审理民事案件时发现涉及侵占自诉案件时，会遵循“先刑后民”的原则进行处理，并确保整个处理过程符合法定程序，以保障各方当事人的合法权益。