案件进入审查起诉环节后发现属于自诉案件的，应当由检察机关将案件退回公安机关或直接作出不起诉决定，之后由自诉人自行向法院提起刑事自诉。具体分析如下：

1. 审查起诉环节的性质与自诉案件的界定
   审查起诉是检察机关对公安机关移送起诉的案件进行审查，决定是否提起公诉的程序。而自诉案件是指由被害人或其法定代理人直接向法院提起诉讼，追究被告人刑事责任的案件（如侮辱、诽谤、暴力干涉婚姻自由等轻微刑事案件）。若案件在审查起诉阶段被认定为自诉案件，说明其不符合公诉条件（如缺乏社会危害性、证据不足或属于法定自诉范围）。

2. 检察机关的处理方式

   • 退回公安机关：若案件本应由公安机关立案侦查但属于自诉范围（如轻微伤害案件中被害人未要求公安机关处理），检察机关可要求公安机关撤销案件或终止侦查，并告知被害人自行向法院起诉。
     
   • 直接不起诉：若案件已进入审查起诉阶段且证据充分，但属于法定自诉范围（如被害人有证据证明的轻微刑事案件），检察机关可作出不起诉决定，并书面说明理由，由被害人自行向法院提起自诉。

3. 自诉人的后续程序
   自诉人需在法定期限内（通常为追诉时效内）向有管辖权的法院提交刑事自诉状，并附相关证据材料。法院受理后，将按照自诉案件程序进行审理，自诉人需承担举证责任，证明被告人构成犯罪。

4. 特殊情形处理

   • 公诉转自诉的例外：若案件原本属于公诉范围（如故意伤害致人重伤），但检察机关作出不起诉决定后，被害人有证据证明被告人有罪的，可直接向法院提起自诉（《刑事诉讼法》第210条）。
     
   • 证据不足的处理：若自诉人证据不足，法院可说服其撤回自诉或裁定驳回；若自诉人坚持起诉，法院可能判决被告人无罪。

建议：若您遇到此类情况，需重点关注检察机关的不起诉决定书内容，明确案件性质及后续救济途径。如有疑问，可直接向我咨询具体程序操作及证据准备要点。