已经约定协议的情况下，仍然可以申请劳动仲裁。以下从不同角度为你详细分析：

协议内容与劳动仲裁的关系

1. 协议合法有效且已履行：如果双方签订的协议内容合法、明确，且双方都已经按照协议履行了各自的义务，那么一般来说，申请劳动仲裁的意义可能不大，因为仲裁机构通常会尊重双方自愿达成的合法协议。但即便如此，如果一方认为协议履行过程中存在其他争议（如协议外的权益受损），仍然可以申请劳动仲裁来维护自己的权益。
2. 协议存在瑕疵或未履行：如果协议内容存在违法、显失公平或者一方未按照协议履行义务等情况，那么另一方完全有权申请劳动仲裁。仲裁机构会对协议的合法性、有效性以及履行情况进行审查，并据此作出裁决。例如，如果协议中约定的工资低于当地最低工资标准，那么劳动者可以申请劳动仲裁要求用人单位补足差额。

申请劳动仲裁的法律依据

根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》的相关规定，劳动者与用人单位之间因劳动报酬、工伤医疗费、经济补偿或者赔偿金等发生的争议，都属于劳动仲裁的受理范围。这意味着，无论双方是否已经签订了协议，只要存在劳动争议，劳动者都可以依法申请劳动仲裁。

申请劳动仲裁的建议

1. 收集证据：在申请劳动仲裁前，建议你先收集好相关证据，如劳动合同、工资条、工作证、考勤记录等，以证明你的主张。
2. 明确诉求：你需要明确自己的仲裁诉求，比如是要求支付工资、经济补偿还是其他权益。明确的诉求有助于仲裁机构更准确地审理案件。
3. 注意时效：根据法律规定，劳动争议申请仲裁的时效期间为一年。你需要在这个期限内提出仲裁申请，否则可能会丧失胜诉权。

可能的法律后果

1. 仲裁裁决支持你的诉求：如果仲裁机构认为你的诉求合理合法，那么它会作出支持你诉求的裁决。用人单位需要按照裁决结果履行义务，否则你可能会面临强制执行等法律后果。
2. 仲裁裁决不支持你的诉求：如果仲裁机构认为你的诉求缺乏依据或者不符合法律规定，那么它会作出不支持你诉求的裁决。这种情况下，你可能需要接受裁决结果或者考虑通过其他途径（如诉讼）来维护自己的权益。

总结来看，已经约定协议并不妨碍你申请劳动仲裁。如果你认为自己的权益受到了侵害，无论是否已经签订了协议，都可以依法申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。如果你有任何疑问或者需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。