核心结论：挂靠公司与实际施工人未签协议且项目亏损时，需根据双方实际履行情况、证据留存及法律关系性质，通过协商、诉讼或仲裁等途径解决责任分担问题。以下从法律关系认定、责任分担原则、证据收集方向及救济途径四方面展开分析：

1. 法律关系认定：挂靠与内部承包的区分

• 挂靠关系：若实际施工人以挂靠公司名义承接工程，但挂靠公司未实际参与管理、未投入资金或技术，仅收取管理费，则双方可能被认定为“挂靠关系”。根据《建筑法》第26条及《建设工程司法解释（一）》第1条，挂靠行为违法，合同可能被认定无效。
• 内部承包关系：若挂靠公司实际参与工程管理（如派驻管理人员、提供技术支持），且双方约定利润分配或风险分担，则可能被认定为“内部承包”。此时合同效力需结合具体条款判断，但未签书面协议可能影响责任认定。

关键点：法律关系性质直接影响责任分担规则。挂靠关系下，双方可能需按过错比例分担损失；内部承包关系下，可能按约定或实际履行情况处理。

2. 责任分担原则：过错与公平原则

• 挂靠关系：根据《民法典》第157条，合同无效后，过错方应赔偿对方损失。若亏损因实际施工人管理不善导致，其可能承担主要责任；若挂靠公司未履行监管义务（如未审核分包资质、未监督资金使用），亦需分担部分责任。
• 内部承包关系：若双方存在事实上的合作行为（如共同决策、资金混用），法院可能参照《民法典》第519条（连带债务）或第577条（违约责任）处理，但需以实际履行情况为依据。

示例：若实际施工人擅自变更设计方案导致成本超支，而挂靠公司未及时制止，法院可能判定双方按7:3比例分担亏损。

3. 证据收集方向：弥补未签协议的缺陷

• 实际履行证据：包括工程款支付记录、材料采购发票、工人工资发放凭证、会议纪要等，证明双方存在事实合作关系。
• 沟通记录：微信、邮件、录音等，证明双方对亏损原因、责任分担的口头约定或预期。
• 第三方证据：如监理单位出具的工程进度报告、审计机构出具的造价报告，辅助证明亏损金额及成因。

提示：未签协议时，证据链的完整性至关重要。建议优先收集书面材料，次之为电子数据或证人证言。

4. 救济途径：协商、诉讼或仲裁

• 协商：双方可基于实际履行情况，签订补充协议明确责任分担比例。协商成本低，但需双方诚信配合。
• 诉讼：若协商无果，可向法院起诉，要求确认法律关系性质及责任分担。诉讼优势在于强制力，但周期较长。
• 仲裁：若合同中约定仲裁条款（即使未签书面协议，但实际履行中曾使用仲裁方式解决争议），可申请仲裁。仲裁程序灵活，但需双方同意。

策略建议：优先尝试协商，同步准备诉讼材料（如证据清单、法律意见书）。若对方拒绝沟通，及时启动诉讼程序，避免超过3年诉讼时效。

总结与行动建议

1. 立即固定证据：整理所有与项目相关的财务记录、沟通记录及第三方文件。
2. 评估法律关系：结合实际履行情况，判断属挂靠还是内部承包，以确定责任分担规则。
3. 尝试协商：起草《责任分担协议》草案，明确亏损原因、分担比例及付款方式。
4. 咨询专业律师：若协商无果，携带证据材料咨询律师，制定诉讼策略。

温馨提示：挂靠行为本身违法，未来承接工程时应签订书面协议并明确风险分担条款。如有进一步问题，可直接向我提问，我将结合具体案情提供详细方案。