结论前置：
详细分析：
首先，从法律的角度来看，公司工资转账重复属于公司内部的财务管理失误。当这种失误发生时，公司应当主动与员工沟通，明确多发的工资数额，并协商解决方案。老板知道转账重复却未说明，并以工资兑账的方式处理，这种做法显然缺乏透明度和公正性，也违反了基本的财务管理原则和劳动法规定。
一、不合理性分析：
缺乏透明度：老板未告知员工工资转账重复的情况，剥夺了员工的知情权。员工有权知道自己的工资发放情况，包括是否多发、多发多少等。
不公正处理：以工资兑账的方式处理多发工资，实际上是在未经员工同意的情况下，单方面改变了工资的发放方式和数额。这种做法对员工来说是不公正的，因为员工可能并没有意识到工资多发，或者即使意识到了，也可能不同意以工资兑账的方式处理。
可能违反劳动法：根据劳动法的相关规定，用人单位应当按时足额支付劳动者工资。如果公司因为财务管理失误而多发工资，并不能因此就单方面改变工资的发放方式和数额。员工有权要求公司按照原定的工资发放方式和数额进行支付。
二、法律建议：
与员工沟通：公司应当主动与员工沟通，说明工资转账重复的情况，并协商解决方案。如果员工同意以工资兑账的方式处理，那么应当签订书面协议，明确双方的权利和义务。
返还多发工资：如果员工不同意以工资兑账的方式处理，或者公司无法与员工达成一致意见，那么公司应当返还多发的工资给员工。员工也有权要求公司返还多发的工资。
法律途径维权：如果公司拒绝返还多发的工资，或者以其他不合理的理由扣减员工工资，员工可以通过法律途径维护自己的权益。例如，可以向劳动监察部门投诉，或者提起劳动仲裁、诉讼等。
三、可能的法律后果：
如果公司坚持以工资兑账的方式处理多发工资，并且拒绝与员工沟通或返还多发工资，那么公司可能面临以下法律后果：
劳动监察部门的处罚：劳动监察部门有权对公司进行劳动保障监察，如果发现公司存在违反劳动法规定的行为，如未按时足额支付劳动者工资等，可以依法对公司进行处罚。
劳动仲裁或诉讼的败诉风险：如果员工提起劳动仲裁或诉讼，要求公司返还多发的工资或支付其他相关费用，公司可能面临败诉的风险，并需要承担相应的法律责任和费用。
综上所述，公司工资转账重复后，老板知道却未说明并以工资兑账的做法是不合理且可能违法的。员工有权要求公司返还多发的工资，并可通过法律途径维护自身权益。如果遇到类似情况，建议员工及时与公司沟通并寻求法律帮助。