针对公司委托人私自签订协议且已严重危害公司利益，而公司又不知情的情况，公司可以采取以下措施来保护自身权益：

1. 立即调查并确认事实：

   • 公司应迅速组织内部调查，核实委托人私自签订协议的具体情况，包括协议内容、签订时间、对方主体等关键信息。
   • 确认该协议是否确实对公司利益造成了严重危害，以及危害的具体程度和范围。

2. 评估协议效力及影响：

   • 根据《民法典》等相关法律法规，评估该协议的法律效力。若协议存在无效或可撤销的情形（如委托人无权代理、超越代理权限、恶意串通损害公司利益等），公司可考虑主张协议无效或请求撤销。
   • 分析协议对公司业务、财务、声誉等方面的具体影响，为后续决策提供依据。

3. 采取法律措施维护权益：

   • 向委托人追责：若委托人违反公司规定或超越代理权限签订协议，公司可依据内部规章制度或相关法律法规，对委托人进行追责，包括要求其承担赔偿责任、解除委托关系等。
   • 与对方协商或诉讼：若协议对方明知或应知委托人无权代理而仍与之签订协议，公司可与对方协商解除协议或要求其承担违约责任。若协商无果，公司可依法向人民法院提起诉讼，请求确认协议无效、撤销协议或要求对方赔偿损失。
   • 报警处理：若委托人私自签订协议的行为涉嫌犯罪（如职务侵占、合同诈骗等），公司应及时向公安机关报案，追究其刑事责任。

4. 完善内部管理机制：

   • 公司应借此机会审视并完善内部管理机制，特别是委托代理制度。明确委托代理的权限、范围、程序等，确保委托代理行为合法、合规、有效。
   • 加强对委托人的培训和监督，提高其法律意识和风险意识，防止类似事件再次发生。

5. 寻求专业法律支持：

   • 在整个过程中，公司应积极寻求专业法律支持，确保各项措施合法、有效。可聘请专业律师团队协助调查、评估、协商和诉讼等工作，提高维权效率和成功率。

后续行动建议：

• 公司应保持与相关方的沟通，及时了解协议履行情况和对方态度，为后续决策提供信息支持。
• 在采取法律措施前，公司应充分评估成本效益，确保维权行动符合公司整体利益。
• 公司应关注法律法规的更新和变化，及时调整内部管理机制和维权策略，以适应法律环境的变化。

可能面临的法律后果：

• 若公司未能及时采取有效措施维护权益，可能导致协议继续履行，对公司造成进一步损害。
• 若公司主张协议无效或请求撤销的诉求未得到法院支持，公司可能需承担协议约定的不利后果。
• 若委托人私自签订协议的行为构成犯罪，公司可能面临声誉损失和业务受阻等间接后果。

因此，公司应高度重视此事，迅速采取有效措施保护自身权益。如有任何疑问或需要进一步帮助，请直接向我咨询。