合作合同中约定去仲裁委员会处理纠纷的条款是有效的。以下从不同角度对此进行详细分析：

一、法律效力的角度

根据《中华人民共和国仲裁法》的相关规定，平等主体的公民、法人和其他组织之间发生的合同纠纷和其他财产权益纠纷，可以仲裁。这意味着，只要双方当事人在合同中明确约定了仲裁条款，并且该条款符合法律规定的要件，那么该仲裁条款就是有效的。仲裁条款的有效性主要取决于以下几个方面：

1. 双方当事人的真实意思表示：仲裁条款必须是双方当事人在平等、自愿的基础上协商一致的结果，不能存在欺诈、胁迫等情形。
2. 仲裁事项具有可仲裁性：即仲裁事项必须是合同纠纷或其他财产权益纠纷，不能涉及人身关系等不可仲裁的事项。
3. 选定的仲裁委员会明确：双方当事人在合同中必须明确选定一个具体的仲裁委员会进行仲裁，不能模糊不清或同时选定多个仲裁委员会。

在您的案例中，如果合作合同中明确约定了“因本合同产生的纠纷，由双方协商解决；协商不成的，提交某仲裁委员会进行仲裁”，并且该仲裁委员会是真实存在的，那么该仲裁条款就是有效的。

二、实际操作的角度

从实际操作的角度来看，仲裁作为一种纠纷解决方式，具有程序简便、效率较高、保密性强等优点。当合作合同中出现纠纷时，双方当事人可以按照合同中的仲裁条款，向选定的仲裁委员会申请仲裁。仲裁委员会将依法组成仲裁庭，对纠纷进行审理并作出裁决。该裁决具有法律效力，双方当事人应当履行。

三、注意事项

虽然仲裁条款在法律上是有效的，但在实际操作中，双方当事人还需要注意以下几点：

1. 确保仲裁条款的明确性：在签订合同时，双方当事人应当明确约定仲裁委员会的名称、地址等信息，避免出现模糊不清或同时选定多个仲裁委员会的情况。
2. 了解仲裁程序和规则：在申请仲裁前，双方当事人应当了解仲裁程序和规则，包括仲裁申请的提交、仲裁庭的组成、仲裁裁决的作出等，以便更好地维护自己的权益。
3. 考虑仲裁成本和时间：虽然仲裁程序相对简便，但仍然需要一定的时间和费用。双方当事人在选择仲裁作为纠纷解决方式时，应当考虑仲裁成本和时间因素，做出合理的决策。

建议：如果您在合作合同中看到了去仲裁委员会处理纠纷的条款，并且该条款符合法律规定的要件，那么您可以放心地按照该条款进行操作。如果您对仲裁条款的有效性或仲裁程序有任何疑问，可以直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供详细的法律建议。