若女方在起诉离婚时没有抚养能力，针对两个孩子的抚养权问题，可参考以下处理方式：
一、双方协商
协商内容：
- 女方可与男方就两个孩子的抚养权归属进行协商。若男方有抚养意愿且具备抚养能力，双方可签订抚养权协议，约定由男方直接抚养两个孩子，女方支付适当抚养费。
- 抚养费数额可根据女方经济状况、孩子实际需求和当地生活水平确定。若女方无固定收入，可按当年总收入或同行业平均收入的一定比例给付，具体比例可双方协商或由法院酌情判定。
协商优势：
- 协商解决可避免诉讼程序，减少双方矛盾，同时为孩子创造相对稳定的成长环境。
二、诉讼解决
法院判决原则：
- 若协商不成，女方可向法院起诉。法院会从最有利于孩子成长的角度判决抚养权归属。
- 根据《中华人民共和国民法典》第一千零八十四条，不满两周岁的子女，原则上由母亲直接抚养，但若母亲有不适宜抚养的情况（如患有严重疾病、未尽抚养义务等），抚养权可判给父方。
- 对于已满两周岁的子女，若父母双方对抚养问题协议不成，法院会根据双方的具体情况，按照最有利于未成年子女的原则判决。
- 若子女已满八周岁，法院会尊重孩子的真实意愿。
女方无抚养能力时的判决倾向：
- 若女方确实无抚养能力（如无经济来源、无稳定住所等），法院可能将两个孩子的抚养权判给男方。
- 但女方仍需承担一定抚养义务，如支付抚养费。若女方因经济困难等无能力支付，可与男方协商减免，协商不成可向法院请求适当减少或免除抚养费。
三、后续变更抚养权的可能性
女方情况改善时：
- 若女方后续经济状况改善，有抚养能力和意愿，可通过与男方协商或向法院起诉，要求变更孩子抚养权。
变更抚养权的考量因素：
- 法院在审理变更抚养权案件时，会综合考虑孩子的成长环境、双方的经济状况、抚养能力等因素，以最有利于孩子成长的原则进行判决。
四、其他注意事项
探视权保障：
- 女方无抚养能力不直接抚养孩子，并不意味着她就没有探视孩子的权利。双方可协商确定探视时间、方式等，若协商不成，可向法院申请确定探视权。
男方抚养能力评估：
- 在判决抚养权归属时，法院会评估男方的抚养能力。若男方存在不良嗜好（如赌博、酗酒等）、暴力倾向或其他不利于孩子成长的行为，法院可能会倾向于维持现状或考虑其他抚养安排。
建议：女方在面临无抚养能力的情况时，应积极与男方沟通，共同商讨子女抚养事宜。若协商不成，可及时向法院起诉，并准备好相关证据（如经济状况证明、居住条件证明等），以维护自己和孩子的合法权益。同时，女方也可在经济条件改善后，积极争取变更抚养权，为孩子创造更好的成长环境。