若员工在已有其他工作的情况下，又来公司上班且时间超过了兼职规定，公司可采取以下措施：
与员工沟通协商：
- 公司首先应与员工进行坦诚的沟通，了解其同时从事多份工作的原因和具体情况。
- 协商是否可以调整工作时间或工作内容，以确保员工能够合法合规地履行两份工作的职责，同时不违反公司关于兼职的规定。
审查并明确公司政策：
- 公司应审查其内部关于员工兼职的政策和规定，确保这些规定符合相关法律法规的要求。
- 如果公司政策对兼职时间有明确限制，且员工确实违反了这些规定，公司可以依据政策对员工进行相应的处理，如警告、罚款或解除劳动合同等。
依据法律法规处理：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，劳动者同时与其他用人单位建立劳动关系，对完成本单位的工作任务造成严重影响，或者经用人单位提出，拒不改正的，用人单位可以解除劳动合同。
- 如果员工在其他工作上的投入已经严重影响到其在本公司的工作表现，且经公司提出后仍不改正，公司有权依法解除与该员工的劳动合同。
考虑法律风险与合规性：
- 在处理此类问题时，公司应充分考虑法律风险，确保所有处理措施都符合相关法律法规的要求。
- 避免因处理不当而引发劳动争议或法律纠纷，给公司带来不必要的损失。
预防措施与制度完善：
- 为防止类似情况再次发生，公司应完善其招聘和用工管理制度，明确对员工兼职的规定和要求。
- 在招聘时，可以询问应聘者是否已有其他工作，并评估其是否能够同时履行两份工作的职责。
- 在员工入职后，也可以定期与其沟通工作情况，确保其没有违反公司关于兼职的规定。
若公司选择解除劳动合同，需注意以下法律程序：
- 公司应提前通知员工，并说明解除劳动合同的原因和依据。
- 解除劳动合同的决定应书面化，并由员工签收确认。
- 如果员工对解除劳动合同的决定有异议，公司应提供充分的证据和理由来支持其决定。
可能面临的法律后果：
- 如果公司未经合法程序或没有充分理由就解除劳动合同，可能会面临违法解除劳动合同的法律责任，包括支付赔偿金等。
- 因此，公司在处理此类问题时，应确保所有措施都符合法律法规的要求，以避免不必要的法律风险。
有问题可以直接向我咨询，我会结合你的具体情况和法律法规的要求，为你提供更详细、更专业的法律建议。