单位内设机构不按工作程序发文，是否构成违纪，需结合具体情况与单位规章制度来判断，不能一概而论。以下从几个角度进行详细分析：
单位规章制度的角度：
- 大多数单位都会制定内部的工作程序和规章制度，这些规定通常明确了发文的流程、权限和责任。如果内设机构未按照既定程序发文，首先违反的是单位的内部规定。
- 若单位规章制度中明确规定了不按程序发文的后果，如视为违纪行为，并设定了相应的处罚措施，那么该内设机构的行为就可能构成违纪。
法律法规的角度：
- 从法律法规层面来看，单位内设机构不按工作程序发文，并不直接等同于违反了国家法律。但是，如果这种行为导致了严重的后果，如侵犯了员工的合法权益、造成了经济损失或影响了单位的正常运营，那么可能涉及法律责任。
- 例如，如果内设机构未经审批擅自发布涉及员工切身利益的决定，导致员工权益受损，员工可能依据《劳动法》等相关法律法规提起劳动争议。
实际操作与后果的角度：
- 在实际操作中，不按工作程序发文可能引发一系列问题，如文件效力存疑、执行困难、责任不清等。这些问题不仅可能影响单位的内部管理，还可能对外造成不良影响。
- 如果这种行为导致了实际损害或不良影响，单位有权根据内部规定或相关法律法规对责任人员进行追责。
法律建议：
- 对于单位而言，应完善内部规章制度，明确发文程序和责任，加强员工培训，确保员工了解并遵守相关规定。
- 对于员工而言，如果发现内设机构不按工作程序发文，且该行为可能对自己或单位造成不利影响，应及时向相关部门或领导反映，必要时可寻求法律援助。
可能的法律后果：
- 如果内设机构不按工作程序发文的行为被认定为违纪，责任人员可能面临单位的内部处罚，如警告、记过、降职、解雇等。
- 如果该行为导致了严重的法律后果，如侵犯员工权益、造成经济损失等，责任人员还可能面临法律责任，如赔偿损失、承担行政责任或刑事责任等。
综上所述，单位内设机构不按工作程序发文是否构成违纪，需结合单位规章制度、法律法规以及实际操作与后果来综合判断。如有具体法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。